Page Index - lmigueel/Bioinformatica GitHub Wiki
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- Calculo de frequencia de códons de uma sequência no formato fasta com CodonW
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- Como integrar análise de redes proteína proteína (PPI) e de co expressão para identificar genes chave (key genes)
- Como integrar dados de Transcriptômica e Metabolômica: explicando os dados e métodos
- Comparação entre duas redes biológicas (BioNetComp)
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- Desenho experimental: custo e exemplo
- DESeq2
- Diferenças entre TPM, FPKM e RPFM
- Download de dados do SRA (Sequence Read Archive)
- Enriquecimento com teste hipergeométrico (Hypergeometric test)
- Enriquecimento de vias do Reactome
- Enriquecimento de vias KEGG com clusterProfiler
- Enriquecimento GO definição e ferramentas
- Enriquecimento GO (topGO): principalmente para montagens de novo
- Expressão diferencial com Sleuth
- Extraindo sequências de um FASTA usando o R
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- Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
- Identificação de RNA não condantes (Long noncoding RNAs ou long ncRNAs ou lncRNA) (RNAsamba)
- Inspecionando variantes com o IGV (Integrative Genomics Viewer)
- Kit de avaliação rápida de arquivos FASTA e FASTQ
- Limpeza de reads (Trimagem)
- Maneira mais rápida de fazer o download de dados de NGS do NCBI SRA
- Manipuando arquivos FASTA
- Manipulação com samtools
- Mapeamento de reads
- Mapenando reads HISAT2
- Montagem de genomas com SPAdes
- Montagem de reads longos com Canu ( Nanopore e PacBio)
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- Normalização de dados em redes de co expressão
- O que são: Reads, Contigs, Scaffolds e Cromossomos
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- Predição de virulência ‐ proteínas
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- Quantificação de reads de dados de RNA Seq
- Redes biológicas e teoria dos grafos
- Redes de interação proteína proteína (PPI networks)
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- Tecnologia de Sequenciamento: Illumina, Pacbio e Nanopore
- UpsetR: visualização eficiente de diagramas de Venn
- Uso correto de cores ‐ Visualização de dados
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