Page Index - lmigueel/Bioinformatica GitHub Wiki

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• Home
• 100 projetos resolvidos de Machine Learning em python
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• Agrupamento de sequências (nucl ou prot) por similaridade (CD HIT)
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• Ajuste de valores p (pvalues) (no R)
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• Alinhamento com MAFFT e visualização com Aliview
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• Alterando cabeçalho de arquivos FASTA
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• Anotação de Ortologia KEGG (Kegg Orthology(KO)) com KofamKoala
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• Anotação em montagens de novo de transcriptoma (Pannzer2, HMMER e SwissProt)
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• Análise das redes proteína proteína do STRING
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• Análise de enriquecimento de doenças (Disease enrichment analysis)
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• Análise de qualidade NGS
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• Análise de RNA Seq com genoma de referência
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• Análise de similaridade semântica usando Gene Ontology (GO)
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• Análise Fatorial de Dados Mistos ou Factor Analysis of Mixed Data ‐ FAMD
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• Atenuação em dados multi‐ômicos: Impacto de CNVs no mRNA e nas Proteínas
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• Bedtools
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• BLAST
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• Calculo de frequencia de códons de uma sequência no formato fasta com CodonW
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• Classificação taxonômica de reads com Kaiju e visualização com Krona
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• Como integrar análise de redes proteína proteína (PPI) e de co expressão para identificar genes chave (key genes)
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• Como integrar dados de Transcriptômica e Metabolômica: explicando os dados e métodos
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• Comparação entre duas redes biológicas (BioNetComp)
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• dbcan2: Anotação de CAZy enzimas (Carbohydrate Active enZYmes Database)
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• Desenho experimental: custo e exemplo
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• DESeq2
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• Diferenças entre TPM, FPKM e RPFM
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• Download de dados do SRA (Sequence Read Archive)
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• Enriquecimento com teste hipergeométrico (Hypergeometric test)
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• Enriquecimento de vias do Reactome
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• Enriquecimento de vias KEGG com clusterProfiler
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• Enriquecimento GO definição e ferramentas
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• Enriquecimento GO (topGO): principalmente para montagens de novo
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• Expressão diferencial com Sleuth
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• Extraindo sequências de um FASTA usando o R
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• Formato FASTQ
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• Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
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• Identificação de RNA não condantes (Long noncoding RNAs ou long ncRNAs ou lncRNA) (RNAsamba)
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• Inspecionando variantes com o IGV (Integrative Genomics Viewer)
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• Kit de avaliação rápida de arquivos FASTA e FASTQ
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• Limpeza de reads (Trimagem)
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• Maneira mais rápida de fazer o download de dados de NGS do NCBI SRA
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• Manipuando arquivos FASTA
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• Manipulação com samtools
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• Mapeamento de reads
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• Mapenando reads HISAT2
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• Montagem de genomas com SPAdes
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• Montagem de reads longos com Canu ( Nanopore e PacBio)
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• MultiQC relátorio de dados de ferramentas de Bioinformática
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• Normalização de dados em redes de co expressão
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• O que são: Reads, Contigs, Scaffolds e Cromossomos
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• PCA (Principal Component Analysis) em dados de RNA Seq
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• Predição de virulência ‐ proteínas
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• Quantificação de reads de dados de RNA Seq
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• Redes biológicas e teoria dos grafos
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• Redes de interação proteína proteína (PPI networks)
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• SignalP
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• Tecnologia de Sequenciamento: Illumina, Pacbio e Nanopore
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• UpsetR: visualização eficiente de diagramas de Venn
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• Uso correto de cores ‐ Visualização de dados
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• Virus Bioinformatics
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