Enriquecimento de vias do Reactome - lmigueel/Bioinformatica GitHub Wiki

1. Sobre

ReactomePA é projetado para análise baseada na via reactome (Yu e He 2016). Reactome é um banco de dados de caminhos de acesso aberto, com curadoria manual e revisão por pares. Acesse o Reactome AQUI.

2. Instalação

A instalação do pacote é suportada pelo R. São mais de 400Mb de dados de instalação!!!!

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ReactomePA")

3. Organismos com suporte

Atualmente o ReactomePA suporta vários organismos modelo, incluindo 'celegans', 'fly', 'human', 'mouse', 'rat', 'yeast' and 'zebrafish'. O ID do gene de entrada deve ser o Entrez gene ID. Recomendo o uso de clusterProfiler::bitr() para converter IDs biológicos.

4. Análise de enriquecimento de vias Reactome

A análise de enriquecimento é uma abordagem amplamente usada para identificar temas biológicos. O ReactomePA implementou o enrichPathway() que usa o modelo hipergeométrico para avaliar se o número de genes selecionados associados a uma via do Reactome é maior do que o esperado. Lembrando que ele aceita poucos organismos ainda. Vou exemplificar com Entrez de humanos.

library(ReactomePA)

genes <- c("11171", "8243", "112464", "2194",
			"9318", "79026", "1654", "65003",
			"6240", "3476", "6238", "3836",
			"4176", "1017", "249")

yy = enrichPathway(genes, pvalueCutoff=0.05)

head(summary(yy))

Caso você tenha uma lista de genes e seus fold-changes (FC), você pode desenhar a via específica pelo nome presente no Reactome.

#Pacote DOSE tem um exemplo de Entrez ID com valores de FC
data(geneList, package="DOSE")
head(geneList)

viewPathway("E2F mediated regulation of DNA replication", 
            readable = TRUE, 
            foldChange = geneList)

Bibliografia

As mais diversas análises com o ReactomePA você pode executar acessando manual, que é super bem feito.

Acesse AQUI