1. Peptídeo sinal

Os peptídeos sinal são sequências curtas de aminoácidos encontradas na extremidade N-terminal de proteínas que são destinadas à via secretora. Essas sequências atuam como etiquetas de endereçamento, direcionando a proteína para o retículo endoplasmático (RE) em células eucarióticas ou para a membrana plasmática em células procarióticas. Após cumprir sua função, o peptídeo sinal é geralmente clivado por peptidases específicas.

Os peptídeos sinal têm uma estrutura conservada que pode ser dividida em três regiões:

• Região N-terminal: rica em resíduos básicos, como arginina e lisina.
• Região central hidrofóbica: composta por aminoácidos apolares.
• Região C-terminal: que contém o sítio de clivagem onde o peptídeo sinal é removido.

2. SignalP

O servidor SignalP 6.0 prevê a presença de peptídeos sinal e a localização de seus locais de clivagem em proteínas de Archaea, bactérias Gram-positivas, bactérias Gram-negativas e eucariontes.

Input: FASTA da proteína

Output: O relatório inclui várias informações, como a probabilidade de presença de um peptídeo sinal, o sítio de clivagem predito e a probabilidade de que a proteína siga a via secretora. Os resultados são apresentados de forma gráfica e tabular, facilitando a interpretação.

3. Exemplo de uma proteína secretora.

Repare no score do peptídeo sinal. Este valor é zero quando não há peptídeo sinal.

Para proteínas eucarióticas: Lembre-se, a presença ou ausência de um peptídeo sinal não é tudo sobre a localização de uma proteína! Se você quiser saber mais sobre a classificação de suas proteínas eucarióticas, experimente o preditor de localização subcelular de proteínas DeepLoc.

No gráfico, são relatadas probabilidades marginais para regiões de peptídeos de sinal, isto é, região n-terminal Sec/SPI/região h-terminal Tat/SPII. Existem também probabilidades marginais para resíduos pertencentes a regiões da proteína madura. Para manter as parcelas limpas, excluímos regiões com probabilidades muito baixas. A sequência de marcação mais provável, a partir da qual o local de clivagem é inferido, também é indicada. As posições das seguintes regiões e características são previstas pelo modelo:

• n-terminal: A região n-terminal do peptídeo sinal. Reportado para Sec/SPI, Sec/SPII, Tat/SPI e Tat/SPII. Rotulado como N
• h-terminal: A região hidrofóbica central do peptídeo sinal. Reportado para Sec/SPI, Sec/SPII, Tat/SPI e Tat/SPII. Rotulado como H
• c-terminal: A região c-terminal do peptídeo sinal, relatada para Sec/SPI e Tat/SPI.
• Cisteína: A cisteína conservada em +1 do local de clivagem das Lipoproteínas que é usada para Lipidação. Rotulado como c.
• Twin-arginine motif: O motivo de arginina dupla no final da região n-terminal que é característico dos peptídeos de sinal Tat. Rotulado como R.
• Sec/SPIII: Esses peptídeos de sinal não possuem estrutura de região conhecida.