MultiQC relátorio de dados de ferramentas de Bioinformática - lmigueel/Bioinformatica GitHub Wiki

1. Sobre

MultiQC agrega resultados de diferentes análises em várias amostras em um relatório interativo. Atualmente, ele oferece suporte a 111 ferramentas de bioinformática.

Se você fornecer um caminho, o multiqc irá procurar por arquivos de log nas 111 ferramentas que ele suporta e produzir relatórios usando qualquer um que encontrar.

Acesse eu github AQUI.

Acesse o site oficial AQUI.

2. Instalação

Pip:

pip install multiqc  

Conda:

conda install -c bioconda -c conda-forge multiqc

3. Modo de usar

Depois de instalado, você pode usar o MultiQC navegando até o diretório de análise (ou um diretório raiz) e executando a ferramenta:

multiqc .

É isso! MultiQC varrerá o diretório especificado (. é o diretório atual) e produzirá um relatório detalhando tudo o que encontrar.

O relatório é criado em multiqc_report.html por padrão. Arquivos de dados delimitados por tabulação também são criados em multiqc_data/, contendo informações extras. Eles podem ser facilmente inspecionados usando o Excel (use - formato de dados para obter yaml ou json).

Para obter instruções mais detalhadas, execute multiqc -h ou consulte a documentação AQUI