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Por favor, cite: Lucas Miguel de Carvalho. (2022). Bioinformatica: Bioinformatica 1.0 (1.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.6583568.
Menu de pipelines e dicas:
2. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
3. Download de dados do SRA (Sequence Read Archive)
4. Kit de avaliação rápida de arquivos FASTA e FASTQ
5. UpSetR: visualização eficiente de diagramas de venn
6. Alterando cabeçalhos de arquivos FASTA
12. Análise de RNA-Seq com genoma de referência
13. Quantificação de reads de dados de RNA-Seq
15. Anotação em montagens de novo de transcriptoma (Pannzer2, HMMER e Swiss-Prot)
17. Inspecionando variantes com o IGV (Integrative Genomics Viewer)
18. Limpeza de reads (Trimagem)
19. Expressão diferencial com Sleuth
20. Diferenças entre TPM, FPKM e RPFM
21. Enriquecimento GO (topGO): principalmente para montagens de novo
22. Comparação entre duas redes biológicas (BioNetComp)
23. Identificação de RNA não condantes (Long non coding RNAs ou long ncRNAs ou lncRNA) (RNAsamba)
24. Agrupamento de sequências (nucl ou prot) por similaridade (CD HIT)
25. Enriquecimento com teste hipergeométrico (Hypergeometric test)
26. Ajuste de valores p (p-values) (no R)
28. Tecnologia de sequenciamento: Illumina, PacBio e Nanopore
29. Desenho experimental: custo e exemplo
30. O que são: Reads, Contigs, Scaffolds e Cromossomos
32. Redes de interação proteína-proteína (PPI networks)
34. MultiQC - relatório de ferramentas de Bioinformática
35. Enriquecimento GO - definição e ferramentas
36. Calculo de frequencia de códons de uma sequência no formato fasta com CodonW
37. Alinhamento com MAFFT e visualização com AliView
38. Enriquecimento de vias KEGG com clusterProfiler
39. Enriquecimento de vias do Reactome
40. Anotação de Ortologia Kegg (Kegg Orthology(KO)) com KofamKoala
41. Análise de enriquecimento de doenças (dados Humano)
42. Anotação de Cazy enzymes com dbcan2
43. Classificação taxonômica de reads com Kaiju e visualização com Krona
44. Montagem de reads longos com CANU (PacBio e Nanopore)
45. Montagem de genomas com SPAdes
46. 100 projetos resolvidos de Machine Learning em python
47. Normalização em dados de rede de co-expressão
48. Extraindo sequências de um FASTA usando o R
49. Análise de similaridade semântica usando Gene Ontology (GO)
51. Redes biológicas e teoria dos grafos
53. Como integrar dados de Transcriptômica e Metabolômica: explicando os dados e métodos
54. Maneira mais rápida de fazer o download de dados de NGS do SRA/NCBI
55. Análise das redes proteína-proteína do STRING
56. Uso correto de cores - Visualização de dados
57. Análise Fatorial de Dados Mistos ( Factor Analysis of Mixed Data ‐ FAMD)
58. Predição de virulência - proteínas
60. Atenuação em dados multi‐ômicos: Impacto de CNVs no mRNA e nas Proteínas