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ABiS脳画像解析チュートリアル2024
ここは、2024年1月から3月に開催される 『先端バイオイメージング支援プラットフォーム・ABiSチュートリアル』 の受講者を対象とした準備のためのページです。
チュートリアルはご自身の環境で受講していただきます。そのために事前準備が必須となっております。講師と同じ環境で解析をするため、仮想化ソフト VirtualBox を使用し、そのうえで、脳画像解析に特化したLinux, Lin4Neuro を使いながらチュートリアルは進めていきます。(なお、Apple M1/M2/M3 CPUをお使いの方は VirtualBox が正式に対応していないので、個別にソフトウェアをセットアップしていただくことになります。) 事前準備を済ませたうえで、受講のためのスクリプトを実行し、それが正しい結果を出した方にPumbleのアドレスをお示しします。早めにご準備のほどよろしくお願いします。なお、今回お配りするLin4Neuroは2024年1-3月用に最適化されています。2023年2月以前のLin4Neuroにはソフトが入っていないものがいくつもありますので、改めてセットアップをお願いします
順に確認しながら進めてください。下の目次の他、右側にあるメニューをひとつずつ確認しながら勧めてください。
-
02_解析環境のセットアップ
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03_チュートリアル用テキスト・データ配布リポジトリのセットアップ
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05_問い合わせ
- 準備でつまづいたことがありましたら、こちらのリンクからお問い合わせください。2日以内に担当者から返信します。
チュートリアルの概要
- 計6回のチュートリアルの難易度、主な使用ソフト、タイムテーブルは以下のようになります。
2024年1月20日: 脳画像解析入門
- 難易度：★☆☆☆☆〜★★☆☆☆
- 主な使用ソフト: MRIcroGL, AlizaMS, pydicom, dcm2niix, heudiconv, Octave/Matlab
- タイムテーブル
| 時間 | 内容 | 担当 |
|---|---|---|
| 8:30 | Zoomオープン | |
| 9:00 | 開会 | |
| 9:10-10:10 | 脳画像ビューワー | 根本清貴(筑波大学) |
| 10:20-11:20 | DICOM画像 | 根本 |
| 11:30-12:00 | 統計の基礎 | 川口淳 (佐賀大学) |
| 12:00-13:00 | 昼食 | |
| 13:00-13:30 | 多重比較が必要な時 | 川口 |
| 13:40-14:40 | DICOM画像からNIFTI画像への変換 | 根本 |
| 14:50-15:50 | BIDS | 根本 |
| 16:00-17:00 | 一般線形モデルの理解 | 根本 |
2024年1月21日: スクリプト入門
- 難易度：★★☆☆☆〜★★★★☆
- 主な使用ソフト: FSL
- タイムテーブル
| 時間 | 内容 | 担当 |
|---|---|---|
| 8:30 | Zoomオープン | |
| 9:00 | 開会 | |
| 9:10-10:10 | 脳画像解析のためのシェルスクリプト入門 | 下地啓五(順天堂大学) |
| 10:20-11:20 | テキスト操作：解析結果の加工と出力 | 下地 |
| 11:30-12:00 | クラスター解析 | 川口淳 (佐賀大学) |
| 12:00-13:00 | 昼食 | |
| 13:00-13:30 | 並べ替え検定 | 川口 |
| 13:40-14:40 | パイプラインを活用したコマンド連携 | 下地 |
| 14:50-15:50 | 条件分岐とループによる脳画像解析のフロー制御 | 下地 |
| 16:00-17:00 | オリジナルスクリプト開発：レビューと改善プロセス | 下地 |
2024年2月17日: FreeSurfer
- 難易度：★★★☆☆〜★★★★☆
- 主な使用ソフト: FreeSurfer
- タイムテーブル
| 時間 | 内容 | 担当 |
|---|---|---|
| 08:30 | Zoomオープン | |
| 09:00-09:20 | 開会、オリエンテーション | |
| 09:20-10:20 | (1) FreeSurferの概要 / recon-all | 筑波大・根本 |
| 10:30-11:30 | (2) Freeview / ROI解析 | 根本 |
| 11:40-12:10 | (3) トラブルシューティング・講義 | 根本 |
| 12:10-13:10 | 昼休み | |
| 13:10-14:20 | (4) Freeviewを用いたトラブルシューティング・実践 | 根本 |
| 14:40-15:50 | (5) グループ解析 | 根本 |
| 16:00-17:00 | (6) 他のソフトとの連携 | 根本 |
| 17:00-17:30 | 質疑応答 |
2024年2月18日: 拡散MRI
- 難易度：★★★☆☆〜★★★★☆
- 主な使用ソフト: MRtrix, ANTs, FSL, NODDI toolbox
- タイムテーブル
| 時間 | 内容 | 担当 |
|---|---|---|
| 08:30 | Zoomオープン | |
| 09:00-09:10 | 開会、オリエンテーション | |
| 09:10-10:10 | (1) DWIの前処理 | 慶応大学病院・上田 |
| 10:20-11:20 | (2) TBSS (Non-FA Analysisも含む) | 上田 |
| 11:30-12:30 | (3) NODDI | 上田 |
| 12:30-13:30 | 昼休み | |
| 13:30-14:30 | (4) 有意差の有無 | 順天堂大・下地 |
| 14:40-15:40 | (5) 有意差を強調する画像 | 下地 |
| 16:00-17:00 | (6) 解析結果の表示 | 下地 |
| 17:00-17:30 | 質疑応答 |
2024年3月09日: 安静時fMRI
- 難易度：★★★☆☆〜★★★★☆
- 主な使用ソフト: CONN 22.a
- タイムテーブル
| 時間 | 内容 | 担当 |
|---|---|---|
| 8:30 | Zoomオープン | |
| 9:00 | 開会 | |
| 09:00-09:10 | 開会、オリエンテーション | |
| 09:10-12:00 | 第1部 CONNを用いたrsfMRI画像の前処理 | 東大・岡田 |
| 12:00-13:00 | 昼休み | |
| 13:00-17:00 | 第2部 CONNを用いた機能的結合解析 | 量子機構・八幡 |
| 13:00-14:00 | 2-1 Seed-to-Voxel / ROI-to-ROI解析 | 八幡 |
| 14:10-15:10 | 2-2 独立成分分析(ICA)と主成分分析(PCA) | 八幡 |
| 15:20-16:05 | 2-3 その他の解析手法 | 八幡 |
| 16:15-17:00 | 2-4 Freesurferとの連携他 | 八幡 |
| 17:00-17:30 | 質疑応答 |
2024年3月10日: タスクfMRI
- 難易度：★★★☆☆〜★★★★☆
- 主な使用ソフト: SPM12
- タイムテーブル
| 時間 | 内容 | 担当 |
|---|---|---|
| 08:30 | Zoomオープン | |
| 09:00 | 開会 | |
| 09:10-10:00 | 課題提示の作り方 | 生理研・福永 |
| 10:10-11:00 | Preprocessing 1 | 福永 |
| 11:10-12:00 | Preprocessing 2 | 福永 |
| 12:00-13:00 | 昼休み | |
| 13:00-13:50 | First-level analysis | 福永 |
| 14:00-14:50 | Second-level analysis | 福永 |
| 15:00-16:30 | 結果の見方 | 福永 |
| 16:30-17:00 | 質疑 |