02_4_Lin4Neuro_Starter_model - kytk/abis-web-2024 GitHub Wiki

アミュレット社からLin4Neuro Starter modelが発売されています(2023年12月現在、税込み187000円、ディスプレイ、キーボード、マウス別)。アミュレット社の厚意で、ABiSチュートリアル用にセットアップが完了したものをご準備いただけます。上記のリンクから見積もりをとる際、「ご質問・ご要望等」に、「2024年1月〜3月のABiS MRI画像解析チュートリアルに使用する設定でお願いします」と記載してください。なお、納期は1週間かかりますので、注文される場合は、早めにご注文ください。

COI: 根本清貴は、Lin4Neuroを開発していますが、アミュレット社からは報酬を受けていません。アミュレット社は、Lin4Neuroの目指す精神に賛同してくださり、Lin4Neuroがプリインストールされたハードウェアを出荷してくださっています。

Powerstep Tower for Lin4Neuro, Lin4Neuro Starter model をすでにご購入の方へのインストラクション

2月17日: FreeSurfer

FreeSurferのインストール

  • リポジトリのアップデートをお願いします。以下をコピペしてください。

    codename=$(lsb_release -c | cut -f 2)
cd ~/git/lin4neuro-${codename}
git pull

  • FreeSurfer のライセンスを取得してください。https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html　に必要事項を記入すると、licnse.txt が添付されたメールが送られてきます。それを、Lin4Neuroの Donwloads の下に保存してください。

  • 以下で、FreeSurfer 7.4.1 のインストールを実行します。

    cd installer-scripts
./freesurfer7.4.1_installer.sh

  • まず、以下の質問が出ます。これは yes とタイプしてください。

    This script will download and install Freesurfer in Ubuntu
You need to prepare license.txt beforehand.
license.txt should be placed in /home/kiyotaka/Downloads
Are you sure you want to begin the installation of FreeSurfer? (yes/no)

  • 次の質問はVirtualBox関連です。これは、no とタイプしてください。

    Begin installation.
Do you want to modify recon-all for VirtualBox environment? (yes/no)

  • そうすると、インストールがはじまります。数時間かかると思ってください。インストールが終わると以下の画面になります。

    Installation finished!
If you have installed previous version of FreeSurfer, please check
~/.bash_aliases and suppress the previous version
Now close this terminal, open another terminal, then run freeview.

  • ターミナルを一度終了し、新たにターミナルを起動してください。ターミナルの上に以下の表示がされていることを確認してください。

    -------- freesurfer-linux-ubuntu22_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460 --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer/7.4.1
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/7.4.1/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /home/kiyotaka/freesurfer/7.4.1/subjects
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/7.4.1/mni
FSL_DIR           /usr/local/fsl

  • もし、FreeSurferの前のバージョンもあらわれているような状態のときは、gedit ~/.bash_aliases で、Freesurferの前のバージョンの設定のところで、行頭に # をつけてコメントアウトしてください。

  • テストします。以下を実行してください。

    fs_check_install.sh

  • この結果、以下の表示がされれば成功です。

    freesurfer_check

FreeSurferスクリプトのセットアップ

  • ターミナルから以下を実行して、fs-scriptsをダウンロードします。

    cd ~/git
[ ! -d fs-scripts ](/kytk/abis-web-2024/wiki/-!--d-fs-scripts-) && git clone https://gitlab.com/kytk/fs-scripts
cd fs-scripts
git pull

  • この結果、 Already up to date. となれば大丈夫です。

  • パスの設定をします。

    ./addpath.sh

  • そうすると、以下の表示になります。

    Which OS are you using? Select number.
1) Linux
2) MacOS
3) quit
#?

  • 1 をタイプしてEnterを押すと、以下の表示になります。

    #? 1
PATH for fs-scripts was added to ~/.bash_aliases
Please close the terminal, re-open and run checkpath.sh.

  • ターミナルを閉じて、またターミナルを起動し、以下を実行します。

    cd ~/git/fs-scripts
./checkpath.sh

  • この結果が Success! fs-scripts is added to path. となれば設定完了です。

Matlab Compiler Runtime (MCR) のインストール

  • FreeSurfer用に、Matlab MCRをインストールします。

    cd ~/git/fs-scripts
./fs7_dl_mcr2019b.sh

2月18日: 拡散MRI

NODDI toolbox

Matlab Runtime R2022b の入手

  • ターミナルに以下を入力し、Matlab Runtime R2022b を入手します。

    codename=$(lsb_release -c | cut -f 2)
cd ~/git/lin4neuro-${codename}/installer-scripts
./mcr_R2022b_installer.sh

NODDI toolbox のインストール

  • 以下でNODDI toolboxをダウンロードし、/usr/local にインストールします

    cd ~/Downloads
curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/NODDI_linux.zip
sudo unzip NODDI_linux.zip -d /usr/local/

NODDI Toolbox の確認

  • 以下で確認します

    /usr/local/NODDI/run_noddi.sh

  • 以下のようなメッセージが出ます

    Usage:
/usr/local/NODDI/run_noddi.sh <deployedMCRroot> args

3月9日: 安静時fMRI

CONN standalone のインストール

  • 以下で conn standalone をインストールします

    codename=$(lsb_release -c | cut -f 2)
cd ~/git/lin4neuro-${codename}/installer-scripts
./conn22a_installer_R2022b.sh

CONN standalone の確認

  • 以下で CONN standalone の実行を確認します。

    conn

3月10日: タスクfMRI

SPM12 standalone のインストール

  • まず、SPM standalone が入っているかを確認します。

    ls /usr/local | grep spm12_standalone

  • これで spm12_standalone と出力されたら、SPMは入っています。何もする必要はありません。入っていない場合に以下を実行してください。

  • 以下で spm12 standalone をインストールします。lin4neuro-focal (20.04) と lin4neuro-jammy (22.04) で入れるものが違うのでご注意ください。

  • まず、focal か jammy かどちらか判別します。

    lsb_release -c

  • focal の方は以下を行ってください。適宜パスワードを聞かれたら、パスワードを入力してください。

    cd ~/git/lin4neuro-focal/installer-scripts
spm12_installer_v99.sh

  • jammy の方は以下を行ってください。

    cd ~/git/lin4neuro-jammy/installer-scripts
spm12_installer_R2022b.sh

SPM12 standalone の確認

  • 以下でSPMが起動するか確認します。

    spm