2024年1月のチュートリアルの準備

• 最初にLin4NeuroもしくはmacOSの準備を済ませてください
• macOS native の方は、abisディレクトリを置く場所を決めてください。ここでは、ホームディレクトリの下に置く前提で進めます。Lin4Neuroの方はすでに ~/abis が準備されています

リポジトリのダウンロード

• ターミナルを起動します。Lin4Neuroは、左下のメニューのすぐ右側から起動してください

  

• abisディレクトリの下に今回のリポジトリをダウンロードします。以下のようにタイプしてください

  ABIS=~/abis #macの方はここを変更してください
  cd $ABIS
  この行にメールで示される git clone からはじまる一行をコピペしてください
  

  

• こうすることで、abis-202401 というディレクトリが生成されます

データの入手

• 続けてデータを入手します

  cd abis-202401
  ./get_data_202401.sh
  

• うまくいくと以下のメッセージが出ます

  ダウンロードしたデータを archive に移動します
  データの準備がすべて整いました
  test_202401.sh をまだ実行していない場合は、実行してください
  

システム設定およびダウンロードのテスト

• 続けてFSLおよびdcm2niixが正しく動作するか確認するテストを行います。ターミナルに以下のようにタイプしてください

  ./test_202401.sh
  

• こうすると以下のメッセージが出ます

  dcm2niix および FSL の動作確認を行います
  はじめて実行する場合は、10分程度かかります
  最後に出力される数値を報告してください
  はじめてよろしいですか? 
  yesまたはnoを入力してください
  

• ここで yes とタイプしてEnterを押すとテストが始まります。その結果、うまく行くと以下の表示になります

  ------------------------------------------------
  以下の数値を報告してください
  (3桁の数字が表示されます)
  ------------------------------------------------
  
  
  数値報告用のフォームを開いてよろしいですか? 
  yesまたはnoを入力してください
  

• yes とタイプするとフォームが開かれますので、必要事項を入力してください。Pumbleのリンクが示されます

• 注意: Lin4Neuroでブラウザが開く際にパスワードを聞かれたら、lin4neuro と入力してください。

リポジトリの更新

• 今後、テキストなどが随時アップされます。その際は以下で入手します。

  ABIS=~/abis
  cd $ABIS/abis-202401
  git pull