02_3_macOSネイティブ環境でのソフトウェアセットアップ

はじめに
前提条件
インストールが必要なソフトウェア
ソフトウェア毎のインストールおよび確認方法

はじめに

チュートリアルの準備には、約4-5時間必要となります。時間に十分に余裕をもって準備をされてください。特に、macOS native環境では、想定通りにうまくいかないことも十分考えられます。このため、早めの準備をお願いします。準備なしの参加はできません
本セクションでは、Lin4Neuro を使わずに、macOS native 環境でのチュートリアルのセットアップ方法を記載します。Apple M1/M2/M3 でも対応可能です。ただし、この方法でのセットアップのサポートは限られることをご了承ください(個人個人で環境がかなり異なるためです)。このインストラクションを読んでわからないことが多い方は、ご自身でのセットアップは難しいとお考えいただき、Lin4Neuroでの受講としてください

前提条件

CPUは Intel でも Apple M1/M2/M3 でも問いません
ターミナルはデフォルトの zsh でなく bash を使用することとします。ターミナルから以下のようにタイプしてください。
```
echo $SHELL
```
この結果が、/bin/bash (もしくは/usr/local/bin/bash) でない方は、以下のコマンドをタイプしてください
```
chsh -s /bin/bash
```
この後、ターミナルを起動し直すと、bashに変わります。確認のためには、echo $SHELL を実行し、その結果が /bin/bash であることを確認してください
この場合、システムレベルの /etc/zshrc (キーバインディング等) や、~/.zshrc.profile にて個人的に設定している内容は反映されなくなるので注意してください
zsh に戻したい場合は、いつでも chsh -s /bin/zsh で zsh に戻すことができます

インストールが必要なソフトウェア

全期間共通していれる必要があるもの

git
homebrew
Jupyter Notebook (bashとoctaveカーネル含む)

2024年1月

Octave
AlizaMS
MRIcroGL
Mango
tree
XQuartz
FSL

2024年2月

FreeSurfer
FSL
MRtrix3
ANTs
NODDI toolbox

2024年3月

Matlab
SPM
CONN

ソフトウェア毎のインストールおよび確認方法

git (バージョン指定なし)

gitのインストール

Command line tools for Xcode のインストールにより git (およびpython3) を使うことが可能となります
```
xcode-select --install
```

gitの確認

ターミナルから以下をタイプしていただき、バージョンが出力されれば大丈夫です
```
git --version
```

Homebrew

Homebrewのインストール

ターミナルに以下をコピペしてください

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

すでにHomebrewをインストールされている方は以下によってアップデートしてください
```
brew update
brew upgrade
```

Homebrewの確認

以下でbrewでインストールできるアプリが確認できます
```
brew list
```

Python3の仮想環境構築

Python3の仮想環境構築の準備: Anacondaの無効化

ターミナルを起動します
ターミナルに以下のように、最初に (base) と表示されている方は、Anacondaが有効になっています
```
(base) ユーザ名@ホスト名:~$
```
この場合は、以下によって一時的にAnacondaを無効にできます
```
conda deactivate
```
これにより、ターミナルの表示は以下になり、(base)の表示がなくなります
```
ユーザ名@ホスト名:~$
```
ホームディレクトリの下に abis を作成し、その下に仮想環境 python-abis を作成します
```
[ -d ~/abis ] || mkdir ~/abis
cd ~/abis
python3 -m venv python-abis
source python-abis/bin/activate
```
そうすると、以下のように表示が変わります
```
(python-abis) ユーザ名@ホスト名:~$
```

PyDicom, Python-gdcm, dcm2bids, heudiconv, Numpy, Jupyterのインストール

以下のようにしてpydicom, python-gdcm, dcm2bids, heudiconv, numpy をインストールします
```
python3 -m pip install --upgrade pip
pip install pydicom python-gdcm dcm2bids heudiconv numpy
```

さらに以下により、jupyter用のbashとoctaveカーネルをインストールします

pip install jupyter notebook
pip install bash_kernel
python3 -m bash_kernel.install
pip install octave_kernel

これで、クリーンなPython環境が構築できます。以下のコマンドで、仮想環境を終了します
```
deactivate
```

Octave (バージョン指定なし)

Octaveのインストール

Homebrew 経由でインストールするのが簡単です。Homebrew自体のインストールは、https://brew.sh/index_ja をご覧ください
```
brew install octave
```

Octaveの確認

ターミナルから以下をタイプします
```
octave --version
```
GNU Octave, version 8.4.0 と表示されればOKです(バージョンは重要ではありませんので、古くても大丈夫です)

AlizaMS

AlizaMSのインストール

以下のリンクからインストーラーを入手できます。公式の配布は終了してしまいました
- https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/AlizaMS-1.8.3.dmg

AlizaMSの確認

アプリケーションから AlizaMS を起動し、以下の画面が出れば大丈夫です

5.3. 画面の設定(任意)

見た目をmacOSに統一させます。上のメニューバーから、AlizaMS -> Preferences を選んだのち、"Application" を選びます。Themeを macOS とします（キャプチャはライトモードの時です）

MRIcroGL (v1.2.20220720)

MRIcroGLのインストール

MRIcroGL は以下のリンクからインストーラーを入手できます
- https://github.com/rordenlab/MRIcroGL/releases/download/v1.2.20220720/MRIcroGL_macOS.dmg

MRIcroGLの確認

アプリケーションからMRIcroGLを実行し、起動すればOKです

dcm2niix (v1.0.20230411)

dcm2niix のインストール

最新版のdcm2iix は以下のリンクから入手できます
- https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/download/v1.0.20230411/dcm2niix_macos.zip
Safariでダウンロードすると自動でzipが解凍されてdcm2niixができます。これをターミナルから/Applications/dcm2niix に移動します
```
mkdir /Applications/dcm2niix
cp ~/Downloads/dcm2niix /Applications/dcm2niix
```

dcm2niix の確認

以下を実行します

/Applications/dcm2niix/dcm2niix --version

こうすると、以下の画面が出ますので、一度「キャンセル」をクリックします
これに対して、「システム設定」→「プライバシーとセキュリティ」から「このまま許可」をクリックします

改めて、以下を実行します

/Applications/dcm2niix/dcm2niix --version

そうすると下記の画面が出るので、そこで「開く」をクリックします。以下のようになればOKです

Compression will be faster with 'pigz' installed http://macappstore.org/pigz/
Chris Rorden's dcm2niiX version v1.0.20230411  (JP2:OpenJPEG) (JP-LS:CharLS) Clang12.0.0 ARM (64-bit MacOS)
v1.0.20230411

インストール後、以下のコマンドをターミナルにコピペし、.bash_profileに設定を書き込みます

echo '' >> ~/.bash_profile
echo '#dcm2niix' >> ~/.bash_profile
echo 'PATH=/Applications/dcm2niix:$PATH' >> ~/.bash_profile

ターミナルを一度閉じ、新たにターミナルを開いた後、以下を実行してください
```
dcm2niix --version
```

こうなればOKです

Compression will be faster with 'pigz' installed http://macappstore.org/pigz/
Chris Rorden's dcm2niiX version v1.0.20230411  (JP2:OpenJPEG) (JP-LS:CharLS) Clang12.0.0 ARM (64-bit MacOS)
v1.0.20230411

Mango

以下のリンクからMangoをダウンロードします
- https://mangoviewer.com/downloads/mango_mac.zip
zipファイルを解凍するとmangoinstaller.pkg ができますので、それをダブルクリックしてインストールします

tree (バージョン指定なし)

treeのインストール

tree は、ディレクトリ構造を表示するプログラムです
Homebrewで簡単にインストールできます
ターミナルから以下をタイプしてください
```
brew install tree
```

treeの確認

ターミナルから以下をタイプしてください
```
tree -d -L 2
```
ご自身がいるディレクトリの下にあるサブディレクトリが2階層まで表示されます

XQuartz

XQuartz は FSLおよびFreeSurfer の実行のために必要です

XQuartzのインストール

Homebrewが便利です
```
brew install --cask xquartz
```

XQuartzの確認

FSLおよびFreeSurferが実行されればXQuartzもきちんとインストールされるのでここでは確認しません

FSL (6.0.7.6)

FSLのインストール

以下をターミナルから実行し、最新のfslinstaller.pyを入手し、実行します。

下の例では、/usr/local/fsl にインストールする設定となっています

cd ~/Downloads
curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/fslinstaller.py
/usr/bin/python3 fslinstaller.py -d /usr/local/fsl

インストール完了後、FSLの設定は .bash_profile に記載されます。これが終わったら一度ログアウトし、再びログインします

FSLの確認

ターミナルから以下をタイプします
```
fsl
```
これでFSLが立ち上がればOKです。6.0.7.6のはずです

MRtrix3 (バージョン指定なし)

MRtrix3のインストール

ターミナルから以下を実行します

sudo bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/MRtrix3/macos-installer/master/install)"

MRtrix3の確認

ターミナルから以下を実行します
```
mrview
```
MRViewが起動すれば大丈夫です

ANTs (バージョン指定なし)

ANTsのインストール

ターミナルに以下をコピペします

intel macの場合

cd ~/Downloads
curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/ANTS_maci64.zip
unzip ANTS_maci64.zip -d ~/
grep '$HOME/ANTS/install/bin' ~/.bash_profile > /dev/null
if [ $? -eq 1 ]; then
  echo "" >> ~/.bash_profile
  echo "#ANTs" >> ~/.bash_profile
  echo 'export ANTSPATH=$HOME/ANTS/install/bin' >> ~/.bash_profile
  echo 'export PATH=$PATH:$ANTSPATH' >> ~/.bash_profile
fi

Apple M1/M2/M3の場合

cd ~/Downloads
curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/ANTS_arm64.zip
unzip ANTS_arm64.zip -d ~/
grep '$HOME/ANTS/install/bin' ~/.bash_profile > /dev/null
if [ $? -eq 1 ]; then
  echo "" >> ~/.bash_profile
  echo "#ANTs" >> ~/.bash_profile
  echo 'export ANTSPATH=$HOME/ANTS/install/bin' >> ~/.bash_profile
  echo 'export PATH=$PATH:$ANTSPATH' >> ~/.bash_profile
fi

ANTsの確認

ターミナルを一度閉じて、再度ターミナルを開きます
ターミナルから以下を実行します
```
ANTS
```
"call ANTS or ANTS --help" と出れば大丈夫です

NODDI toolbox

Matlab Runtime R2022b の入手

ターミナルに以下を入力し、Matlab Runtime R2022b を入手します。Intel Mac, Apple M1 ともに共通です。

cd ~/Downloads
curl -O https://ssd.mathworks.com/supportfiles/downloads/R2022b/Release/7/deployment_files/installer/complete/maci64/MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg.zip
unzip MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg.zip

ダウンロードフォルダにある MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg をダブルクリックします
InstallForMacOSX をダブルクリックします。インストール先はデフォルトのまま変更しないでください

NODDI toolbox のインストール

以下でNODDI toolboxをダウンロードし、/Applications にインストールします

(2024/02/12 追記: Intel macOS用NODDI toolbox が不具合があったので差し替えました。以下を実行していただければ新しいものに差し替えることができます)

cd ~/Downloads
cpu=$(uname -a | awk '{ print $NF }')
if [ $cpu == 'x86_64' ]; then
  [[ -d /Applications/NODDI ]] && rm -rf /Applications/NODDI
  curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/NODDI_maci64_0210.zip
  unzip NODDI_maci64_0210.zip -d /Applications/
else
  curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/NODDI_arm64.zip
  unzip NODDI_arm64.zip -d /Applications/
fi

NODDI Toolbox の確認

以下で確認します
```
/Applications/NODDI/run_noddi.sh
```

以下のようなメッセージが出ます

Usage:
/Applications/NODDI/run_noddi.sh <deployedMCRroot> <DWI directory> <DWI NIFTI name> <bval name> <bvec name> <mask NIfTI name> <number of cores>

FreeSurfer (7.4.1)

license.txt の入手

まだFreeSurferのライセンスをお持ちでない方は、https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html にアクセスし、必要事項を入力してください。license.txt を添付したメールがご自身のメールアドレスに送られてきますので、その license.txt を、ダウンロードフォルダにコピーしてください

FreeSurferのインストール

以下でFreeSurfer 7.4.1のセットアップスクリプトを入手し、インストールを実行します。

cd ~/Downloads
curl -O https://gitlab.com/kytk/fs-scripts/-/raw/master/fs_setup_7.4.1_mac.sh
bash fs_setup_7.4.1_mac.sh

チュートリアルで使うスクリプト集も手に入れます。ホームディレクトリの下に git フォルダを作成し、その下に入手します。
```
[ ! -d ~/git ] && mkdir ~/git
cd ~/git
git clone https://gitlab.com/kytk/fs-scripts.git
```
パスを設定します
```
cd fs-scripts
bash addpath.sh
```

こうすると、以下のように質問されます。

Which OS are you using? Select number.
1) Linux
2) MacOS
3) quit

2と入力し、Enterを押すと、パスが設定されます。

FreeSurferの確認

ターミナルを新しく立ち上げた上で以下のコマンドをタイプしてください
```
fs_check_install.sh &
```
Freeviewが起動します。

海馬解析のためのMCRをインストール

さらに、海馬解析のためのMCRをインストールします
```
fs7_dl_mcr2019b.sh
```
30分くらいかかると思いますがインストールされます

SPM12 と CONN 22.a : Matlab をお持ちの場合

SPM と CONN はMatlabを持っているか持っていないかでインストールの方法が変わります。Matlab をお持ちでない方は、次の "SPM と CONN: Matlab をお持ちでない場合" に従ってセットアップをしてください
Matlab R2023b 以降、Apple siliconにnative対応しましたが、ときにバグがあるようです。チュートリアルは、Matlab R2022b の環境で構築しています。

SPM12のインストール

GitHub経由が便利です

ホームディレクトリの下に spm12 をインストールすることとします

cd #ホームディレクトリに移動します
git clone https://github.com/spm/spm12.git

SPMはmacOSのセキュリティで実行できないことがあるため、この問題を回避するために、ターミナルから以下を実行します
```
sudo xattr -r -d com.apple.quarantine ~/spm12
sudo find ~/spm12 -name '*.mexmaci64' -exec spctl --add {} \;
```
この後、Matlabのパス設定で、/Users/ご自分のユーザ名/spm12 を指定してください

SPM12の確認

Matlab から
```
spm
```

とタイプし、SPMが起動すればOKです

CONN 22.a のインストール

【2024/02/26追記】CONN 22.a のリンクが実態が CONN 21.a であることがわかりました。修正しましたので、改めて以下のコマンドをコピペすることで、正しい conn 22.aになります。
異なるバージョンを使うことができるように、ホームディレクトリの下に conn を作成し、その下に、conn22a をインストールすることにします

ターミナルで以下をタイプします

[[ -d ~/conn/conn22a ]] && rm -rf ~/conn/conn22a
[[ -f ~/Downloads/conn22a.zip ]] && rm -f ~/Downloads/conn22a.zip
[[ -d ~/Downloads/conn22a ]] && rm -rf ~/Downloads/conn22a
cd ~/Downloads
curl -O https://www.nitrc.org/frs/download.php/13316/conn22a.zip
mkdir conn22a
unzip conn22a.zip -d conn22a
cd conn22a
mv conn conn22a
[[ ! -d ~/conn ]] && mkdir ~/conn
cp -r conn22a ~/conn/

その後、Matlab のパス設定で、/Users/ご自分のユーザ名/conn/conn22a を指定してください

CONN 22.a の確認

Matlabから
```
conn
```

とタイプし、CONNが起動すればOKです

SPM12 と CONN 22.a : Matlab をお持ちでない場合

チュートリアル用に SPM12 と CONN 22.a を Matlab がなくても動作するようにスタンドアロン版を作成しました。Intel macでもApple siliconでも動作します。以下に従ってセットアップを行ってください

Matlab Runtime R2022b の入手

ターミナルに以下を入力し、Matlab Runtime R2022b を入手します。Intel Mac, Apple M1 ともに共通です。なお、上記でNODDI toolboxのインストールの際にインストールしていたら、同じものなので再度のインストールは不要です。次に進んでください
```
cd ~/Downloads
curl -O https://ssd.mathworks.com/supportfiles/downloads/R2022b/Release/7/deployment_files/installer/complete/maci64/MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg.zip
unzip MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg.zip
```
ダウンロードフォルダにある MATLAB_Runtime_R2022b_Update_7_maci64.dmg をダブルクリックします
InstallForMacOSX をダブルクリックします。インストール先はデフォルトのまま変更しないでください

SPM12 standalone のインストール

以下で SPM12 standalone を入手し、/Applications の下にインストールします。

cd ~/Downloads
curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/spm12_maci64.zip
unzip spm12_maci64.zip -d /Applications/
echo "" >> ~/.bash_profile
echo "# Alias for SPM12" >> ~/.bash_profile
echo "alias spm='/Applications/spm12_standalone/run_spm12.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Runtime/R2022b'" >> ~/.bash_profile

一度ターミナルを閉じます。

SPM12 standalone の確認

GUIとコマンドラインのどちらからも起動できます
GUI の場合は、アプリケーションの中にある spm12_standalone の中の spm をダブルクリックしてください
コマンドラインの場合は、ターミナルを起動した後、spm と入力すればSPMが起動します。ただ、初回は起動するまでに数分時間がかかるため、焦らずにお待ちください
```
spm
```

CONN 22.a standalone のインストール

CONN は以下の方法でインストールできます

cd ~/Downloads
curl -O https://www.nemotos.net/l4n-abis/macOS_2023/conn22a_maci64.zip
[ -d /Applications/conn22a_standalone ] || mkdir /Applications/conn22a_standalone
unzip conn22a_maci64.zip -d /Applications/conn22a_standalone
echo "" >> ~/.bash_profile
echo "# Alias for CONN 22.a" >> ~/.bash_profile
echo "alias conn='/Applications/conn22a_standalone/run_conn.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Runtime/R2022b'" >> ~/.bash_profile

ターミナルを一度終了します

CONN 22.a standalone の確認

GUIとコマンドラインのどちらからも起動できます
GUI の場合は、アプリケーションの中にある conn22a_standalone の中の conn をダブルクリックしてください
ターミナルの場合は、ターミナルから conn とタイプすれば起動します
```
conn
```

02_3_macOSネイティブ環境でのソフトウェアセットアップ - kytk/abis-web-2024 GitHub Wiki

はじめに

前提条件

インストールが必要なソフトウェア

全期間共通していれる必要があるもの

2024年1月

2024年2月

2024年3月

ソフトウェア毎のインストールおよび確認方法

git (バージョン指定なし)

gitのインストール

gitの確認

Homebrew

Homebrewのインストール

Homebrewの確認

Python3の仮想環境構築

Python3の仮想環境構築の準備: Anacondaの無効化

PyDicom, Python-gdcm, dcm2bids, heudiconv, Numpy, Jupyterのインストール

Octave (バージョン指定なし)

Octaveのインストール

Octaveの確認

AlizaMS

AlizaMSのインストール

AlizaMSの確認

5.3. 画面の設定(任意)

MRIcroGL (v1.2.20220720)

MRIcroGLのインストール

MRIcroGLの確認

dcm2niix (v1.0.20230411)

dcm2niix のインストール

dcm2niix の確認

Mango

tree (バージョン指定なし)

treeのインストール

treeの確認

XQuartz

XQuartzのインストール

XQuartzの確認

FSL (6.0.7.6)

FSLのインストール

FSLの確認

MRtrix3 (バージョン指定なし)

MRtrix3のインストール

MRtrix3の確認

ANTs (バージョン指定なし)

ANTsのインストール

ANTsの確認

NODDI toolbox

Matlab Runtime R2022b の入手

NODDI toolbox のインストール

NODDI Toolbox の確認

FreeSurfer (7.4.1)

license.txt の入手

FreeSurferのインストール

FreeSurferの確認

海馬解析のためのMCRをインストール

SPM12 と CONN 22.a : Matlab をお持ちの場合

SPM12のインストール

SPM12の確認

CONN 22.a のインストール

CONN 22.a の確認

SPM12 と CONN 22.a : Matlab をお持ちでない場合

Matlab Runtime R2022b の入手

SPM12 standalone のインストール

SPM12 standalone の確認

CONN 22.a standalone のインストール

CONN 22.a standalone の確認

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