02_2_Intel_macOS_Lin4Neuroのセットアップ - kytk/abis-web-2024 GitHub Wiki

はじめに

  • チュートリアルの準備には、約4-5時間必要となります。時間に十分に余裕をもって準備をされてください。なお、準備が終わった方にのみ当日のPumbleのリンクが表示されますので、必ず準備を行ってください。準備なしの参加はできません

  • 今回は完全オンライン開催ですが、ここに示すVirtualBox＋Lin4Neuroの組み合わせで参加することで、過去のチュートリアルと同様にチューターや講師による手厚いサポートが受けることができます。脳画像解析の初心者の方々は記載されている通りに事前準備を行いチュートリアルへ参加することを強く推奨します。ただし、Apple M1/M2/M3環境では、Lin4Neuroが動作しませんので、別ページにあるmacOS ネイティブ環境のセットアップをご覧になり、準備していただくようお願いします

  • 自分自身で基礎的なトラブルシューティングが行える脳画像解析の経験が豊富な中級者以上の方々は、受講者専用サイトに記載されている以外の解析環境（例えば受講者自身が構築した解析環境など）でもチュートリアルに参加可能ですが、チューターによるサポートは限定されますので、ご理解、ご協力の程、よろしくお願いします

  • 準備ができた方は、1月、2月、3月のデータ入手をしていただきますので、そちらのページに移動してください。

  • Lin4Neuroはチュートリアルにあわせてアップデートされています。過去のLin4Neuroは使用できませんのでご注意ください。

  • Lin4Neuroのダウンロードで約30GBダウンロードします。Pocket Wi-Fiなどでは確実にパケ死しますので、職場やご自宅のLAN環境から作業してください

500GB以上あるハードディスク領域の確保

  • チュートリアルで使うLin4Neuroは最大400GBのハードディスクの設定がなされています。チュートリアルはすべて仮想マシン内で解析を行いますので、基本、空き領域が500GB以上ある外付けSSD/HDDを準備することをお勧めします（SSDの方が動作が速いです）。もちろん十分な容量のあるハードディスクをお使いの方はそちらで構いません。なお、外付けデバイスは若干ですが速度が落ちます。速度の観点からは USB3.0接続の外付けSSDを推奨します。SDカードは速度が非常に遅いため、使えません。

Finderからターミナルを開くための設定

以下の方法に従って、Finderからターミナルを開くための設定を行います。

  • macOSのメニューから「システム環境設定」を開き、「キーボード」を選択します

    キーボード設定1

  • 「ショートカット」のタブから「サービス」を選択し、「ファイルとフォルダ」のすぐ下にある「フォルダに新規ターミナル」にチェックを入れます。すでにチェックが入っている場合は何もしなくて大丈夫です

    キーボード設定2

チュートリアル用Lin4Neuro仮想アプライアンスのダウンロード (所要時間約3-4時間)

分散ダウンロード(推奨)

Lin4Neuroの仮想アプライアンスは約30GBありますので、分散ダウンロードできるプログラムを準備してあります。自身の環境にあわせて以下の対処を行ってください。Lin4Neuroを30のファイルに分割してダウンロードします。ネットワークの環境にもよりますが、1ファイルあたり5-10分程度かかりますので、ダウンロード終了に約2-4時間かかるとお考えください。なお、2024年1月〜3月で使用するLin4Neuroは共通です。

  • 仮想マシンをインストールしたいハードディスク/SSD に"VMs"フォルダ(Virtual Machines の略)を作成します。ここでは、外付けSSDに"VMs"フォルダを作成する前提とします。なお、フォルダ名にはスペースや日本語（カタカナを含む）を入れないことを強くお勧めします。

  • macOS用ダウンローダーをダウンロードします

  • ダウンロードし、展開すると、l4n_mac というフォルダができます

  • この l4n_mac を 外付けSSD/HDDの VMs の下にコピーします

  • コピーした先で、l4n_mac の上で右クリックし、「サービス」→「フォルダに新規ターミナル」を選択します

    ダウンローダー1

  • ターミナルが起動したら以下のようにタイプします

     bash get_L4N.sh

    ダウンローダー2

  • ダウンロードが完了すると、l4n_mac の下の L4N-2204-ABiS-20231218 フォルダの中に L4N-2204-ABiS-20231218.ova というファイルが生成されます

一括ダウンロード

十分にネットワークが安定している方は、以下からダウンロードしてください。約30GBありますのでダウンロードには3〜4時間かかります。ネットワークが細い方は、上の分割ダウンロードを選択してください。分散ダウンロードの方がおそらく速いです。

VirtualBox 7.0.12以降 のインストール (所要時間約10分)

チュートリアルでは、VirtualBox 7.0.12以降の上で Lin4Neuro を動作させます。最新版の Lin4Neuro は、VirtualBox 7.0.12 で最適化されているため、前のバージョンのVirtualBoxを使用の方は必ず7.0.12以降にアップグレードしてください。

  • VirtualBoxのサイト から、macOS用のVirtualBoxのインストーラーをダウンロードします

  • ダウンロードしたインストーラーを用いてVirtualBox 7.0.12 をインストールします

  • インストール後、VirtualBoxを起動します

    セットアップ後画像

Lin4Neuro仮想アプライアンスのインポート (所要時間約15分)

  • ダウンロードした仮想アプライアンス (L4N-2204-ABiS-20231218.ova) を用いて仮想マシンをインポートします

  • VirtualBoxのメニューから ファイル → 仮想アプライアンスのインポート を選択します

  • ファイルに、ダウンロードした L4N-2204-ABiS-20231218.ova を指定し、 次へ をクリックします

    仮想アプライアンスのインポート

  • 設定画面が出ます。ひとつだけ気をつけていただきたいのが、 Machine Base Folder です。このフォルダの下に仮想マシンがインストールされます。必ず、先程作った VMs フォルダを指定してください。 外付けSSD/HDDならば、/Volumes/デバイス名/VMs のようになるはずです。

    仮想アプライアンスのインポート2

  • 設定を確認したうえで、 完了 をクリックしてください

  • インポートには10−15分程度かかります。辛抱強くお待ちください

  • インポートが終了すると、VirtualBoxのメイン画面に、 L4N-2204-ABiS が表示されます。

    仮想アプライアンスのインポート3

仮想マシンの設定 (所要時間約5分)

1. メモリの設定

  • 脳画像解析ソフトの一部(CONN, MRtrix, FreeSurferなど)はメモリをかなり消費します。そのため、ホストPCにメインメモリが16GB以上ある場合、メモリはデフォルトの4GBでなく、できたら8GBを割り当てることを推奨します。

  • VirtualBoxのメイン画面で、L4N-2204-ABiSをクリックし、選択してから、 設定 をクリックします

    設定

  • 設定画面の システム をクリックします

  • メインメモリーがデフォルトでは、4096MB、すなわち4GBとなっています。これを、ご自身のPCのメモリが16GB以上ならば、増やしてください。Windows/macOSが安定して動くためには、システムに最低4GB(できれば8GB)を与えることは必要です。そのうえで、Lin4Neuroのメモリを増やすことで、動きが改善します。お使いのPCが16GBのメモリを搭載しているならば、仮想マシンに8GB (8192MB)と設定してあげてください。1GB=1024MBです

    メモリの設定

2. 共有フォルダの設定

  • 2022年12月以降、チュートリアルでは原則共有フォルダは使いません。皆様がLin4Neuroとホストマシンのデータをやりとりしたい時のための設定となります

  • 数GB以上あいているところに、エクスプローラーから、 share というフォルダを作成します。すべて小文字で作成してください

  • 設定画面で 共有フォルダー をクリックしたうえで、画面右側の共有フォルダを追加するアイコンをクリックします

    共有フォルダの設定1

  • フォルダーのパス の右側の▼から、その他... を選択し、先程作成した share フォルダを選択します

  • フォルダー名が share になっていることを確認します

  • 読み込み専用 と 自動マウント はチェックが入っていないことを確認してください

  • このうえで、 OK をクリックします

    共有フォルダの設定2

  • これで、設定は終了です

Lin4Neuroの起動 (所要時間約5分)

  • VirtualBoxのメイン画面から、 L4N-2204-ABiS を選択したうえで、 起動 をクリックします

    Lin4Neuroの起動1

  • 下図のような画面になります。Enter/return を押すかそのまま待てば自動で起動します

    grub

  • ログイン画面が立ち上がります。パスワードは lin4neuro です。すべて小文字です

    Lin4Neuroの起動2

英語キーボードを使っている場合(該当する方のみ)

  • 英語キーボードを使っている場合、以下のようにしてキーボードの配置を変更します

  • 画面右下のキーボードのアイコンを右クリックし、「設定」をクリックします

    英語キーボード1

  • 「キーボード - 英語(US)」を下の上矢印を使って一番上に持っていきます

    英語キーボード2

プロキシサーバーを使っている場合(該当する方のみ)

  • お使いのmacOSがプロキシサーバを経由して外部ネットワークに接続されている場合は、macOSユーザーガイド: Macでプロキシサーバ設定を入力するを参考にシステムに対するプロキシ設定を行ったうえでGitに対するプロキシ設定を行って下さい

    #gitの設定
git config --global http.proxy  http://プロキシ名:ポート番号
git config --global https.proxy http://プロキシ名:ポート番号

  • プロキシ名やポート番号は、所属機関･部署のネットワーク管理者にお尋ね下さい

  • プロキシ設定が不要になった時は、以下のコマンドによって解除できます：

    git config --global --unset http.proxy
git config --global --unset https.proxy

参考. 仮想マシンの削除 (チュートリアル後、不要になった場合)

  1. 仮想マシンを削除するには、VirtualBoxのメイン画面で、削除したい仮想マシンを選び、右クリックをして、除去(R)... を選択します

    仮想マシンの削除1

  2. 次にあらわれる画面で、すべてのファイルを削除 を選択します

    仮想マシンの削除2

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