Page Index - Dioufamad/SNPs_Calling GitHub Wiki

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• Home
• 1 Pipeline SNP : concepts
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• 2 Traitement : données Kasalath
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• Annexe 1 Tasks and evolution
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• Annexe 2 Definitions
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• Annexe 3 Hints
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• Annexe 4 Leçons alternes
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• Annexe 5 : Impacts de certaines actions
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• External help 1 : template config file de Toggle pour snp calling on Paired End
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• Outil 1 : vt
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• Outil 2 : UnifiedGenotyper
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• Sortie 1 : essai 1 de cutadapt
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• Sortie 10 : sdtout de SelectVariants
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• Sortie 11 : sdtout de HaplotypeCaller avec allowPotentiallyMisencodedQuals
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• Sortie 11.1 : sdtout de HC avec allowedMBQS since RTC
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• Sortie 12 : comparasion avec un vt peek entre une detection avec un fixMisencodedQuals et un allowMisencodedQuals
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• Sortie 13 : exemple de sortie vt peek
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• Sortie 14 : batch 1 d'options pour HC
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• Sortie 2 : essai 2 de cutadapt
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• Sortie 3 : sdtout de bwa index
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• Sortie 4 : sdtout de bwa mem
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• Sortie 5 : stdout de picardtools sortsam
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• Sortie 6 : sdtout de RealignerTargetCreator
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• Sortie 7 : sdtout de IndelRealigner
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• Sortie 8 : sdtout de HaplotypeCaller avec fixMisencodedQuals
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• Sortie 9 : sdtout de VariantFiltration
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