Home - nibb-unix/gitc201905-unix GitHub Wiki
NIBB GIトレーニングコース 2019夏 準備編
基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2019夏 準備編
「UNIX・R・NGSの基本」
宿題
受講生の方は以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。
日程
講義資料
カラー版PDF
5/16分
5/17分
講義資料補足
演習および回答
サンプルデータ
UNIX 環境の構築に関する資料
Web links
R
- R home
- R本家サイト
- R japanese Wiki
- R日本語Wiki
- Try R
- R自習サイト（予習におすすめ）
次世代シーケンサー解析コマンド
- bowtie2
- ショートリードのリファレンスデータへのマッピング
- samtools
- マッピング結果ファイルの処理
- HTSeq
- マッピング結果を領域ごとにカウント
- Seqkit
- 高速 FASTA/FASTQ 操作ツール
- FastQC
- シーケンスのクオリティチェックツール
参考図書
自習による発展学習の参考に。
- 入門UNIXシェルプログラミング
- 高度なシェルスクリプト作成を目指す方に
- Rによる統計解析
- インストールから実際の解析まで
- Rの基礎とプログラミング技法
- Rプログラミングの基礎からパッケージ作成法まで
- 次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本
- Macを使った解析の基本、Mac購入から設定等の情報も