qsub - nibb-unix/gitc201905-unix GitHub Wiki

ファイルコピー （ローカル端末上からbias5へ） 

  % cd ~/data/5_ngs
  % scp ecoli.fastq ecoli_genome.fa [email protected]:

bias5 にログイン 

  % ssh [email protected]
  password: （パスワード）
  [user@bias5-login ~] （ログインした状態）

ファイルを作成 

  [user@bias5-login ~] emacs exec_bowtie2.sh

exec_bowtie2.sh の内容 

  #!/bin/sh
  #PBS -l ncpus=8
  cd ${PBS_O_WORKDIR}
  bowtie2-build ecoli_genome.fa ecoli
  bowtie2 -p ${NCPUS} -U ecoli.fastq -x ecoli -S ecoli.sam

${PBS_O_WORKDIR} にはqsubを実行しているカレントディレクトリ名、${NCPUS}には２行目で設定した本ジョブで使用するCPU数(8)が入る。

qsub で実行 

  [user@bias5-login ~] qsub exec_bowtie2.sh

実行状況の確認。何も出力されなければ終了している。 

  [user@bias5-login ~] qstat -u username

ログアウトしてリモート端末に戻る 

  [user@bias5-login ~] exit

ファイルコピー （bias5からローカル端末のカレントディレクトリ上へ） 

  % scp [email protected]:ecoli.sam .

生物情報解析システムWikiページ (http://www.nibb.ac.jp/cproom/wiki3/)

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