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聴講参加のための環境構築

今回のトレーニングコースはオンサイトとオンラインのハイブリッド開催となります。聴講生の皆さんは、以下ガイドにしたがって、事前にお手持ちのコンピュータで環境を構築しておいてください。

聴講時に主に使う配信ツール

  • オンラインレクチャーのためのソフトウェアをお手持ちの端末にインストールしてください。

講義内で使用する解析用ソフトウェア

1. コマンドラインで使用するソフトウェアのインストール

  • 自身のOSに合わせてインストールください

2. OS上で使用するソフトウェアのインストール（Win, Mac共通）

  • IGV

    • https://igv.org/doc/desktop/
    • Download IGV → OSに合った「Java included」を選択してインストール
      • M1 プロセッサ Mac には、Java included はインストールできない。Javaを別にインストールし、「Separate Java 11 required」を選択すること

  • R　

    • 本家サイト　https://www.r-project.org/
    • 下記からOSに合ったR本体をダウンロードしてインストール
    • https://cloud.r-project.org/
    • 以下、追加で必要なパッケージ一覧（依存パッケージを含む） 必見：パッケージインストール方法
      • CRAN パッケージ：
        • coop
        • dendextend
        • gplots
        • ggnewscale
        • ggridges
        • ggupset
        • rgl (インストールできない時は先に Xquartz https://www.xquartz.org/ をインストールする(Mac))
        • Rtsne
        • umap
      • Bioconductor パッケージ
        • edgeR
        • topGO
        • Rgraphviz
        • AnnotationHub
        • fgsea
        • clusterProfiler
        • GOSemSim
      • BioManager パッケージ
        • GenomeInfoDbData
        • org.Mm.eg.db
        • org.Sc.sgd.db

  • 表計算ソフトウェア（必須ではありません）

    • データの閲覧にのみ使用します。
    • Excel, OpenOffice Calc, Numbers など何を使用しても構いません。

デュアルディスプレイの推奨

  • 本講習は一般的なノートPCでも受講いただけますが、下記の環境であるとより一層受講しやすくなります。
    • デュアルディスプレイ(講義画面(Zoom)と演習画面(ターミナルやRなどのアプリケーション)を分離するため)

聴講生の皆様へ

たいへん多くの方にご参加いただき、ありがとうございます。
それぞれの環境が異なるため、個別に対応を行うことが困難な状態となっております。
申し訳ありませんが、環境構築に関することや講義でのご質問には回答いたしかねますので、ご了承ください。

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