R_Package_Install - nibb-gitc/gitc2025mar-rnaseq GitHub Wiki

Mac利用の人は先にXQuatzを必ずインストールすること

CRANパッケージ：GUIインストールかコマンドインストールかどちらかを選べる

  • GUIインストールはコマンド入力が不要だが、一つづつインストールしていく必要がある
  • プランA or B お好きな方法で

プランA：CRANパッケージ　GUIインストール

  1. メニュー「パッケージとデータ」-「パッケージインストーラ」
  2. CRAN（バイナリ）
  3. 検索窓にパッケージ名を入れる
  4. 「一覧を取得」
  5. パッケージの行を選択
  6. 「依存パッケージも含める」にチェック
  7. 「選択をインストール」
  8. （全部で9つのパッケージが必要なので9回繰り返す）

インストール結果やエラーなどは、Rのコマンド画面に出る

プランB：CRANパッケージ　コマンドで一括インストール

> install.packages(c("coop", "dendextend", "gplots", "ggnewscale", "ggridges", "ggupset", "rgl", "Rtsne", "umap", "devtools"), dependencies = TRUE)

もし下記のようなエラーが出た場合

 警告:   リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/contrib/4.2 に対する索引にアクセスできません :
   URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/contrib/4.2/PACKAGES' を開けません

リポジトリ cran.ism.ac.jp が死んでいる。Rのターミナルでリポジトリを変更する

> chooseCRANmirror()

何を選んでもよいが、おすすめは一番上の「0-Cloud[https]」

Bioconductor パッケージのインストール

昔は「パッケージインストーラ」からインストールできたが、最近働きが悪いので、Rのコマンドでインストールする

> if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
> library(devtools)
> install_github("ctlab/fgsea")
> install_github("jeroen/jsonlite")
> BiocManager::install(c("edgeR", "topGO", "Rgraphviz", "AnnotationHub", "clusterProfiler", "GOSemSim"))
> BiocManager::install(c("GenomeInfoDbData", "org.Mm.eg.db", "org.Sc.sgd.db"))

途中で

Update all/some/none? [a/s/n]:

と聞かれたときは、a を押す（all）

先にrglをインストールしていて、

  利用できるバイナリー版がありますがソース版は後者です:
     binary  source needs_compilation
rgl 0.108.3 0.109.6              TRUE

 パッケージのソースからインストールを行いますか? (コンパイルが必要です)  (Yes/no/cancel)

これは「no」で回避、少し古いが先に入っているバイナリー版を使う。 ここでコンパイルするとだいたい失敗する

次に

Downloading GitHub repo ctlab/fgsea@HEAD
These packages have more recent versions available.
It is recommended to update all of them.
Which would you like to update?

1: All                          
2: CRAN packages only           
3: None                         
4: cpp11 (0.5.1 -> 0.5.2) [CRAN]

Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates:

ここは「1」を選ぶ さらに、

Old packages: 'cpp11'
Update all/some/none? [a/s/n]:

これは「a」で 最後に

Warning messages:
1: package(s) not installed when version(s) same as or greater than current; use
  `force = TRUE` to re-install: 'edgeR' 'topGO' 'Rgraphviz' 'AnnotationHub'
  'fgsea' 'GOSemSim' 
2: package(s) not installed when version(s) same as or greater than current; use
  `force = TRUE` to re-install: 'GenomeInfoDbData' 'org.Mm.eg.db'
  'org.Sc.sgd.db'

と言われるが、これは無視でOK

> library(edgeR)
 Loading required package: limma

となれば講義中は大丈夫！（たぶん） Rのバージョンによっては、上記のような質問が出ずに終わるが、> library(edgeR) や > library(GenomeInfoDbData) としてエラーにならなければOK （Warning は警告であり、エラーではない）