Mac_app - nibb-gitc/gitc2025mar-rnaseq GitHub Wiki

Macにコマンドで利用する解析用ソフトウェアをインストール

下記のステップは Apple M2 Max + Sonoma 14.7.2 で動作を確認しました

Mac UNIX環境構築ガイドに従って、Command Line Tools と Homebrew をインストール
Homebrew の formula を最新のものに更新

brew update

Homebrew に生物学用のformulaが収録されている brewsci/bio を tap で追加する

brew tap brewsci/bio

Homebrew を用いて各種ソフトウェアをインストール

brew install bowtie2
brew install seqkit
brew install cutadapt
brew install sratoolkit
brew install samtools
brew install salmon
brew install hisat2　　#注意点あり
brew install stringtie
brew install gffcompare
brew install gffread
brew install transdecoder
brew install blast
brew install diamond
brew install wget

[!Tip] brewでhisat2をインストールしても正常に動作しな場合は、下記のFAQのページを参考に対応ください。　FAQ: https://github.com/nibb-gitc/gitc2025mar-rnaseq/wiki/FAQ

stringtie のページに行き、 prepDE.py をクリック、「Raw」ボタンを押してからブラウザの「ページを別名で保存」してダウンロードする。 prepDE.py3 も同様にダウンロードしておく

または、

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/prepDE.py
wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/prepDE.py3

で保存。この「prepDE.py」「prepDE.py3」そのものがソフトウェアとなっている

Trinityrnaseq

このアプリケーションはパソコンでの動作を推奨しませんのでインストールは不要です

以降のソフトのインストールはオプションとします。PCの容量等を確認して適宜インストールをお願いします。

brew で python3 と pip3 がインストールされているか確認、Python 3.9.2、pip 21.0.2... 等と出ればOK（ここでは /usr/local/bin のパスが重要、Macにプリインストールされているものや、conda で呼び出される python3 ではなく brew によって入ったものを使う）

/usr/local/bin/python3 -V
/usr/local/bin/pip3 -V

もしなかったら、Homebrew を用いて python3系をインストール、再度バージョンを確認

brew install python3
/usr/local/bin/python3 -V
/usr/local/bin/pip3 -V

BUSCO をインストール　4GBほどの空き容量が必要です

brew の pip3 で、必要なpythonのライブラリをインストール

/usr/local/bin/pip3 install pandas
/usr/local/bin/pip3 install biopython
/usr/local/bin/pip3 install sepp

Augustus, Prodigal, HMMER インストール

brew install augustus
brew install prodigal
brew install hmmer

BUSCO インストール

cd
git clone https://gitlab.com/ezlab/busco.git
cd busco/
/usr/local/bin/python3 setup.py install

上記まで終えた状態で、~/busco/bin/busco が busco コマンドとなる

eggnog-mapper のインストール　50GBの空き容量が必要です。
brew の pip3 で eggnog-mapper をインストール（依存関係にある numpy, biopython, psutil も自動でインストールされます）

/usr/local/bin/pip3 install eggnog-mapper

eggnog-mapper のデータを保存するディレクトリとして、${HOME}/eggnog-mapper-data を作成し、環境変数 EGGNOG_DATA_DIR を設定

mkdir ${HOME}/eggnog-mapper-data
export EGGNOG_DATA_DIR="${HOME}/eggnog-mapper-data"

以下のページから download_eggnog_data.py を保存して実行

https://raw.githubusercontent.com/eggnogdb/eggnog-mapper/master/download_eggnog_data.py

/usr/local/bin/python3 download_eggnog_data.py

InterProScan　80GBの空き容量が必要です

インストール方法をここでは解説しません。
Installation requirements を見て余裕があればインストールしてみてください。

参考：