聴講参加のための環境構築

今回のトレーニングコースはオンサイトとオンラインのハイブリッド開催となります。聴講生の皆さんは、以下ガイドにしたがって、事前にお手持ちのコンピュータで環境を構築しておいてください。

聴講時に主に使う配信ツール

• オンラインレクチャーのためのソフトウェアをお手持ちの端末にインストールしてください。
  • Zoom　
    • https://zoom.us/
    • 講義はZoomで配信されます。
    • クライアント版を推奨いたします。
    • インストール・利用方法はこちら
    • 可能な限りアップデートを行っていただき、バージョン5.12以上での利用をお願いします。

講義内で使用する解析用ソフトウェア

1. コマンドラインで使用するソフトウェアのインストール

• 自身のOSに合わせてインストールください
  • Mac
  • Windows

2. OS上で使用するソフトウェアのインストール

• IGV

  • https://igv.org/doc/desktop
  • Download IGV → OSに合った「Java included」を選択してインストール
    • M1 プロセッサ Mac には、Java included はインストールできない。Javaを別にインストールし、「Separate Java 11 required」を選択すること

• R　

  • https://www.r-project.org/
    • 以下、追加で必要なパッケージ（依存パッケージを含む）（インストールで困ったら）
    • CRAN パッケージ：
      • coop
      • dendextend
      • gplots
      • ggnewscale
      • ggridges
      • ggupset
      • rgl (インストールできない時は先に Xquartz https://www.xquartz.org/ をインストールする(Mac))
      • Rtsne
      • umap
    • Bioconductor パッケージ (https://bioconductor.org/install/ を参照)：
      • edgeR
      • topGO
      • Rgraphviz
      • AnnotationHub
      • clusterProfiler
    • BioManager パッケージ （インストールで困ったら を参照）：
      • GenomeInfoDbData
      • org.Mm.eg.db
      • org.Sc.sgd.db

• 表計算ソフトウェア（必須ではありません）

  • データの閲覧にのみ使用します。
  • Excel, OpenOffice Calc, Numbers など何を使用しても構いません。

デュアルディスプレイの推奨

• 本講習は一般的なノートPCでも受講いただけますが、下記の環境であるとより一層受講しやすくなります。
  • デュアルディスプレイ(講義画面(Zoom)と演習画面(ターミナルやRなどのアプリケーション)を分離するため)