R_Package_Install - nibb-gitc/gitc2023mar-rnaseq GitHub Wiki

1. メニュー「パッケージとデータ」-「パッケージインストーラ」
2. CRAN（バイナリ）または、BioConductor（バイナリ）
3. 検索窓にパッケージ名を入れる
4. 「一覧を取得」
5. パッケージの行を選択
6. 「依存パッケージも含める」にチェック
7. 「選択をインストール」

インストール結果やエラーなどは、Rの画面に出る

もし下記のエラーが出た場合

 警告:   リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/contrib/4.2 に対する索引にアクセスできません :
   URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/contrib/4.2/PACKAGES' を開けません 

リポジトリ cran.ism.ac.jp が死んでいる。Rのターミナルでリポジトリを変更する

> chooseCRANmirror()

何を選んでもよいが、おすすめは一番上の「0-Cloud[https]」

Bioconductor パッケージインストーラから見えない場合（org.Sc.sgd.db, org.Mm.eg.db 等）

Rのターミナルからインストールする

> if (!require(“BiocManager”, quietly = TRUE))
    install.packages(“BiocManager”)
> BiocManager::install("GenomeInfoDbData")
> BiocManager::install("org.Sc.sgd.db")
> BiocManager::install("org.Mm.eg.db")

途中で

Update all/some/none? [a/s/n]:

と聞かれたときは、a を押す（all）

先にrglをインストールしていて、

  利用できるバイナリー版がありますがソース版は後者です:
     binary  source needs_compilation
rgl 0.108.3 0.109.6              TRUE

 パッケージのソースからインストールを行いますか? (コンパイルが必要です)  (Yes/no/cancel) 

これは「no」で回避、少し古いが先に入っているバイナリー版を使う。 ここでコンパイルするとだいたい失敗する