Mac_app - nibb-gitc/gitc2023mar-rnaseq GitHub Wiki

Macにコマンドで利用する解析用ソフトウェアをインストール

ダウンロードするだけのソフトウェアなどについては、ここの例ではパスを通していません。
- 必要に応じて、パスが通っている場所にコピーするか ~/bin ディレクトリを作ってコピーした上に ~/.zshrc または、~/.bash_profile を編集してバスを通すなどの操作をしてください。
- 常にカレントディレクトリを気にしながら作業しましょう

Mac UNIX環境構築ガイドに従って、Command Line Tools と Homebrew をインストール
Homebrew の formula を最新のものに更新

brew update

Homebrew に生物学用のformulaが収録されている brewsci/bio を tap で追加する

brew tap brewsci/bio

Homebrew を用いて各種ソフトウェアをインストール

brew install bowtie2
brew install seqkit
brew install cutadapt
brew install sratoolkit
brew install samtools
brew install salmon
brew install hisat2
brew install stringtie
brew install gffcompare
brew install blast
brew install diamond
brew install wget

brewでhisat2をインストールしても正常に動作しな場合は、下記のFAQのページを参考に対応ください。 FAQ: https://github.com/nibb-gitc/gitc2023mar-rnaseq/wiki/FAQ

stringtie のページに行き、 prepDE.py をクリック、「Raw」ボタンを押してからブラウザの「ページを別名で保存」してダウンロードする。 prepDE.py3 も同様にダウンロードしておく。または、

curl http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/prepDE.py -O
curl http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/prepDE.py3 -O

で保存

gffread を git および make コマンドでインストール

同じ gffread ディレクトリ内にインストールされます

git clone https://github.com/gpertea/gffread
cd gffread
make release

TransDecoder を gitコマンドでダウンロードしておく

ダウンロードしたディレクトリ内のTransDecoder.LongOrfs と TransDecoder.Predict がそのままソフトウェアとなる

git clone https://github.com/TransDecoder/TransDecoder
(cd TransDecoder)

以降のソフトのインストールはオプションとします。PCの容量等を確認して適宜インストールをお願いします。

brew で python3 と pip3 がインストールされているか確認、Python 3.9.2、pip 21.0.2... 等と出ればOK（ここでは /usr/local/bin のパスが重要、Macにプリインストールされているものや、conda で呼び出される python3 ではなく brew によって入ったものを使う）

/usr/local/bin/python3 -V
/usr/local/bin/pip3 -V

もしなかったら、Homebrew を用いて python3系をインストール、再度バージョンを確認

brew install python3
/usr/local/bin/python3 -V
/usr/local/bin/pip3 -V

BUSCO をインストール　4GBほどの空き容量が必要です

brew の pip3 で、必要なpythonのライブラリをインストール

/usr/local/bin/pip3 install pandas
/usr/local/bin/pip3 install biopython
/usr/local/bin/pip3 install sepp

Augustus, Prodigal, HMMER インストール

brew install augustus
brew install prodigal
brew install hmmer

BUSCO インストール

cd
git clone https://gitlab.com/ezlab/busco.git
cd busco/
/usr/local/bin/python3 setup.py install

上記まで終えた状態で、~/busco/bin/busco が busco コマンドとなる

eggnog-mapper のインストール　50GBの空き容量が必要です。
brew の pip3 で eggnog-mapper をインストール（依存関係にある numpy, biopython, psutil も自動でインストールされます）

/usr/local/bin/pip3 install eggnog-mapper

eggnog-mapper のデータを保存するディレクトリとして、${HOME}/eggnog-mapper-data を作成し、環境変数 EGGNOG_DATA_DIR を設定

mkdir ${HOME}/eggnog-mapper-data
export EGGNOG_DATA_DIR="${HOME}/eggnog-mapper-data"

以下のページから download_eggnog_data.py を保存して実行

https://raw.githubusercontent.com/eggnogdb/eggnog-mapper/master/download_eggnog_data.py

/usr/local/bin/python3 download_eggnog_data.py

InterProScan　80GBの空き容量が必要です

インストール方法をここでは解説しません。
Installation requirements を見て余裕があればインストールしてみてください。

参考：