NIBB GITC 2021年3月 RNA-seq入門

基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2021年3月 RNA-seq入門

「RNA-seq入門 ： RNA-seq解析パイプライン」

公式HP@基生研

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宿題

受講生の方は以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。

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日程

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講義資料

カラー版 PDF

• 0. Introduction
• 1. NGS 基本フォーマットとツール 復習と補足 (NGS format and tools)
• 2. NGS 基本ツール：IGV (NGS basic tools: IGV)
• 3. RNA-seq の解析パイプライン：基礎 (RNA-seq analysis pipeline: Basics)
• 4. RNA-seq：トランスクリプトベース (RNA-seq analysis pipeline: Transcript-based)
• 5. RNA-seq：ゲノムベース (RNA-seq analysis pipeline: Genome-based)
• 6. 多変量解析 (Multivariate analysis)
• 7. RNA-seq：de novo (RNA-seq analysis pipeline: de novo)
• 8. Gene Ontology 解析 (Gene Ontology analysis)(3/9 8:30更新)

講義資料の著作権は基礎生物学研究所に帰属します。無断転載や営利使用を禁止します。引用等のお問い合わせは重信教授まで ([email protected]) The copyright of the lecture materials belongs to the National Institute for Basic Biology, Japan.Unauthorized reproduction or commercial use is prohibited.For inquiries such as quotations, please contact Professor Shigenobu ([email protected]).

練習問題・実戦演習

• Exercise

サンプルデータ

• sample_data

参考

NGS解析入門

• NIBB GITC 2020年11月 NGS解析入門

UNIX 環境の構築に関する資料

• Mac UNIX環境構築ガイド
• Windows UNIX環境構築ガイド

Web links

NGS Informatics

• [samtools] (http://www.htslib.org)
• [bowtie2] (http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml)
• [RSEM] (http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)
• [eXpress] (http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html)
• [tophat2] (https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)
• [cufflinks] (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/)
• [bedtools] (https://github.com/arq5x/bedtools2)
• [IGV] (http://www.broadinstitute.org/software/igv/)
• [JBrowse] (http://jbrowse.org/)
• [HISAT2] (https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml)
• [StringTie] (http://www.ccb.jhu.edu/software/stringtie/)
• [Trinity] (https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki)
• [Salmon] (https://combine-lab.github.io/salmon/)
• [SRAtoolkit] (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std)
• [cutadapt] (https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/)

R

• [R home] (http://cran.r-project.org/)
• [R japanese Wiki] (http://www.okadajp.org/RWiki/)
• [Bioconductor] (http://www.bioconductor.org/)
  • [edgeR] (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html)

Programing

• [BioRuby] (http://bioruby.open-bio.org/)
• [BioPerl] (http://bioperl.org)
• [BioPython] (http://biopython.org/wiki/Main_Page)

Gene Ontology

• Gene Ontology Consortium

参考図書

自習の参考に。

新Ｌｉｎｕｘ／ＵＮＩＸ入門　改訂（ソフトバンククリエイティブ） 林晴比古　[ISBN: 9784797327427]

バイオサイエンスの統計学―正しく活用するための実践理論(南江堂) 市原清志 [ISBN: 978-4-524-22036-6]

Rの基礎とプログラミング技法(丸善出版) U.リゲス著　石田基広訳 [ISBN: 978-4-621-06131-2]

FAQ

FAQ

Errata

• Errata

テキストの修正個所が見つかればここに記します。練習問題はwikiを直接修正します。

その他

Tips

アンケート

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