宿題

受講生は、必ず以下の宿題を行なった上で、トレーニングコースにのぞんでください。

宿題を行うにあたって、2020年11月に開催したゲノムインフォマティクス・トレーニングコース NGS解析入門 「UNIX・R・NGSの基礎」が参考になるでしょう。

RNA-seq全般に関する宿題

1. RNA-seqの主な目的を、2つ挙げてください。

2. RNA-seqデータ解析のパイプラインは複数のステップから構成され、それぞれ異なるツールが用いられます。皆さんが使ったことがあるRNA-seq解析ソフトウェアを3つ思い出してください。それらソフトウェアは、以下のどのステップを担当するものだったでしょうか。

• 発現変動遺伝子の統計的解析
• Readのマッピング
• Readのカウント
• Readの前処理
• 発現量の高いカテゴリー（遺伝子グループ）の検出
• 多変量解析
• リファレンスゲノムやトランスクリプトームの構築
• データの可視化
• その他

UNIXに関する宿題

トレーニングコースでのほとんどの操作はUNIX環境のコマンドラインで行います。UNIXのコマンドライン操作に慣れ、基本的なコマンドは把握しておいて下さい。トレーニングコース準備編のUNIX入門を全て把握する事が理想ではありますが、短期間で完全にマスターする事は困難です。本コース受講に際しては、最低限以下の内容までは把握して臨んでください。

• UNIX入門（コーステキスト）

1. UNIXの階層型ディレクトリの構造を理解する。（UNIX入門（コーステキスト） p.7-10上に該当）

2. 次のコマンドに習熟しておく。テキストの該当ページを参照。

ファイル操作系

ls, cd, mkdir, pwd, cp

テキストデータ処理系

less, cat, head, tail, wc, grep

3. リダイレクト、パイプの使い方を習熟しておく（UNIX入門テキスト 実習21, 22）

NGS基本フォーマット・基本ツールに関する宿題

以下の問題資料中で空欄となっているデータフォーマット名を埋めて完成させて下さい。

• 問題資料

• 参考資料

  • NGS基本データフォーマット（2020 NGS解析入門コーステキスト）
  • クオリティコントロールとNGS基本ツール（2020 NGS解析入門コーステキスト）

IGV に関する宿題

IGV (NGSデータ可視化ソフトウェア)実習は自身で用意しているパソコンを使って行います。

• 用意したパソコンにIGVをインストールし、起動を確認してください。詳細は、セットアップのページを参照のこと。

Rに関する宿題

コースではRを使った解析を行います。Rの基本的な操作に慣れておいてください。

習熟度の目安としては、plotによる散布図の作製まで（R入門 コーステキスト p.1-40上に該当）は最低限マスターしておくこと。

• R入門 コーステキスト

統計学に関する宿題

1. ある値１つをスカラーと呼ぶ。では、ベクトルとは何か？
2. ２つのベクトル間のユークリッド距離とは何か調べなさい。
3. 主成分分析の「主成分」とは何か調べなさい。
4. Rコンソールで library(edgeR) を実行し、

 要求されたパッケージ limma をロード中です

 次のパッケージを付け加えます: ‘limma’

 以下のオブジェクトは ‘package:BiocGenerics’ からマスクされています:

     plotMA 

もしくは、類する出力が得られることを確認しなさい。

Gene Ontology に関する宿題

Gene Ontology (GO) において扱われる、遺伝子の機能に関わる３つの側面とは何か、調べなさい。"Signal transduction" は、その３つのうちどれになるかを考えなさい。