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NIBB GI トレーニングコース
基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2018 7月
「RNA-seq解析入門」実践編
宿題
受講生の方は以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。
日程
講義資料 & 演習課題
講義資料
カラー版 PDF
- RNA-seq 入門 概論
- NGS 基本フォーマットとツール 復習と補足
- NGS 基本ツール：IGV
- 統計学入門
- RNA-seq の解析パイプライン：基礎
- RNA-seq：トランスクリプトベース
- RNA-seq：ゲノムベース
- 多変量解析
- RNA-seq：de novo
- Gene Ontology 解析
講義資料の著作権は基礎生物学研究所に帰属します。無断転載や営利使用を禁止します。引用等のお問い合わせは重信准教授まで ([email protected])
練習問題・実戦演習
サンプルデータ
Errata
テキストの修正個所が見つかればここに記します。練習問題はwikiを直接修正します。
参考
UNIX/R 入門
UNIX 環境の構築に関する資料
Web links
NGS Informatics
- [samtools] (http://www.htslib.org)
- [bowtie2] (http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml)
- [RSEM] (http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)
- [eXpress] (http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html)
- [tophat2] (https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)
- [cufflinks] (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/)
- [bedtools] (https://github.com/arq5x/bedtools2)
- [IGV] (http://www.broadinstitute.org/software/igv/)
- [JBrowse] (http://jbrowse.org/)
- [HISAT2] (https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml)
- [StringTie] (http://www.ccb.jhu.edu/software/stringtie/)
- [Trinity]（https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki）
R
- [R home] (http://cran.r-project.org/)
- [R japanese Wiki] (http://www.okadajp.org/RWiki/)
- [Bioconductor] (http://www.bioconductor.org/)
Programing
- [BioRuby] (http://bioruby.open-bio.org/)
- [BioPerl] (http://bioperl.org)
- [BioPython] (http://biopython.org/wiki/Main_Page)
Gene Ontolofy
参考図書
自習の参考に。
新Ｌｉｎｕｘ／ＵＮＩＸ入門 改訂（ソフトバンククリエイティブ） 林晴比古 [ISBN: 9784797327427]
バイオサイエンスの統計学―正しく活用するための実践理論(南江堂) 市原清志 [ISBN: 978-4-524-22036-6]
Rの基礎とプログラミング技法(丸善出版) U.リゲス著 石田基広訳 [ISBN: 978-4-621-06131-2]