homework - nibb-gitc/gitc2018july-rnaseq GitHub Wiki
Preparation 宿題
受講生は、必ず以下の宿題を行なった上で、トレーニングコースにのぞんでください。
宿題を行うにあたって、7月に開催した、ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2018夏 準備編 「UNIX・R・NGSの基礎」 が、参考になるでしょう。
RNA-seq全般に関する宿題
RNA-seqの主な目的を、2つ挙げなさい。
UNIXに関する宿題
トレーニングコースでのほとんどの操作はUNIX環境のコマンドラインで行います。UNIXのコマンドライン操作に慣れ、基本的なコマンドは把握しておいて下さい。トレーニングコース準備編のUNIX入門を全て把握する事が理想ではありますが、短期間で完全にマスターする事は困難です。本コース受講に際しては、最低限以下の内容までは把握して臨んでください。
- UNIXの階層型ディレクトリの構造を理解する。(印刷版UNIXコーステキスト p5-9上、PDF版UNIXコーステキスト p9-17 に該当)
- 次のコマンドに習熟しておく。テキストの該当ページを参照。
ファイル操作系
ls, cd, mkdir, pwd, cp
テキストデータ処理系
less, cat, head, tail, wc, grep
Rに関する宿題
コースではRを使った解析を行います。Rの基本的な操作に慣れておいてください。
習熟度の目安としては、plotによる散布図の作製まで(印刷版Rコーステキスト p57-76上、PDF版Rコーステキスト p1-39に該当)は最低限マスターしておくこと。
統計学に関する宿題
- 検定における帰無仮説の役割は何か?
- p値とは何か?
- 多変量解析の第一の目的は高次元データを低次元に圧縮することである。ここで言う低次元の定義は何か?
これら3点について予習し、統計の基礎、多変量解析を学ぶ下地作り、不明な点のあぶり出しを行って本コースに臨んで下さい。
次に、受講生のレベルを把握するために、以下のアンケートご協力お願いします。(テストではありません)。
NGS基本フォーマット・基本ツールに関する宿題
以下の問題資料中で空欄となっているデータ形式名、およびコマンド行を埋めて完成させて下さい。この資料はコース中に使います。