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• PATRIC‐1 Utilisation de FastQC et Kraken
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• PATRIC‐2 Assemblage et mapping, comparaison basée sur les SNPs
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• PATRIC‐3 Annotation (RAST, CARD, VFDB, MLST)
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• Pratique #0 Premières commandes 2023
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• Pratique #1 (1h): Exploration des databases de génomes bactériens et récupération de séquences publiques
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• Pratique #2 (2h): Utilisation de FastQC, Kraken et trimmomatic
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• Pratique #3 (2h):Assemblage et mapping, comparaison basée sur les SNPs
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• Pratique #4 (2h):Utilisation de PROKKA, mlst et abricate
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• Ressources: Colonization, Infection, and the Accessory Genome of Klebsiella pneumoniae
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• X deprecated Le programme 2020
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• X deprecated Théorie Pratique #0 Premières commandes 2021
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• ZA faire pour le workshop
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• ZPratique #0 Premières commandes
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• ZThéorie ligne de commande 2021
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