Ouvrez le terminal

exemples en ligne:

A tester++++

Sandbox.bio

terminal1

terminal2

VM Ubuntu

Pour copier/coller dans le terminal faire ctrl+shift+c/ctrl+shift+v

ATTENTION ctrl+c sans le shift arrête tous les processus en cours dans le terminal !

Flèche vers le haut: rappel de la dernière commande / Tab: complétion de la ligne de commande si possible

Vérifiez quel shell vous utilisez par défaut

echo $SHELL

sh: "bourne shell"

bash: "bourne again shell"

Tapez votre première commande "pwd" puis faite "enter"

pwd

exemple: /home/user/DOSSIER

Maintenant essayez Pwd

Tapez votre deuxième commande "man"

man pwd

dans ce cas "man" est la commande et "pwd" l'argument !

Essayez man man

dans ce cas "man" est la commande et "man" l'argument !

La meilleure façon d'avoir de l'aide

cela dépend des commandes, en général c'est l'option -h ou --help

man -h

pwd --help (pour voir essayez pwd -h)

Savoir où se trouve le programme de la commande

which pwd

which man

which ls

Les chemins absolus ou relatifs

le chemin absolu c'est depuis la racine (/) et le chemin relatif depuis l'endroit où l'on se trouve quand on fait pwd

La commande ls pour connaitre le contenu d'un répertoire

ls

en général on utilise ls avec des options

man ls

ls --help

ls -laSh

-a, --all do not ignore entries starting with .

-h, --human-readable (with -l) print sizes in human readable format (e.g., 1K 234M 2G)

-l use a long listing format

-s, --size print the allocated size of each file

-S sort by file size

Se déplacer avec la commande cd ("change directory")

cd /chemin/vers/répertoire

le plus simple est de glisser-déposer votre folder (=directory=dossier=répertoire) dans le terminal

Avec pwd vous pouvez vérifier votre nouvelle localisation dans la racine

cd /chemin/vers/répertoire

ls -laSh

Concaténer des fichiers

1. Allez sur le bureau

cd '/home/anne/Desktop'

La commande echo "répète ce que vous lui dite" si vous ne précisez rien cela "répète" dans le terminal

Le signe > redirige vers où vous voulez (par exemple un fichier)

La commande cat imprime le contenu d'un fichier si vous ne précisez rien cela "imprime" dans le terminal

Faite un test en faisant: attention aux espaces et à la casse !!!!!

echo 'bonjour'

echo 'bonjour' > fichierbonjour.txt

cat fichierbonjour.txt

2. Créez 3 fichiers text et un dossier

echo aaaaaaaaa > a.txt

echo bbbbbbbbb > b.txt

echo ccccccccc > c.txt

mkdir text

ls

ls text

3. Déplacez les fichiers dans le dossier puis placez vous dans le dossier

mv a.txt b.txt c.txt text

ls

ls text

cd '/home/anne/Desktop/text'

cd text

Observez que le prompt change

ls

Vous pouvez remonter d'un cran dans l'arborescence des fichiers en faisant:

cd ..

Observez que le prompt change, vous pouvez vérifier où vous êtes avec pwd

4. Concaténez les fichiers a.txt et b.txt avec >

cat a.txt b.txt > ab.txt

5. Concaténez le fichier c.txt à la suite de ab.txt avec >>

cat ab.txt c.txt >> abc.txt

Vérifier ce que contient le fichier abc.txt

cat abc.txt

Vous pouvez éditer un fichier text avec l'outil nano (sortir de nano avec Ctrl+x)

nano abc.txt

Vérifier ce que contient le fichier modifié abc.txt

cat abc.txt

Intérêt en pratique: vous avez 500 fichiers ".fasta" de séquences dans un même dossier et vous les regroupez en 1 seul fichier "multifasta"

cat *.fasta > all_sequences.fa

Question bonus: pourquoi le fichier contenant toutes les séquences ne doit il pas avoir l'extension .fasta ?

La compression

les fichiers de séquences brutes sont toujours en .fastq.gz c'est à dire compressé.

En général, il ne faut pas les décompresser car les logiciels attendent ce format compressé.

Il faut savoir compresser et décompresser+++

Regardez ce que contient un fichier compressé sans le décompresser avec zless

cd '/home/anne/Desktop/Test'

zless Test.fastq.gz (rq: à partir du moment où vous tapez "T" vous pouvez utilisez la touche "TAB" pour auto-compléter votre commande; la touche "q" permet de sortir de "less", "less" est une commande très importante qui permet de visualiser des fichiers de plusieurs Go impossible à ouvrir sinon sur votre ordinateur)

gunzip Test.fastq.gz

ls

gzip Test.fastq

ls (utilisez la flèche vers le haut 2 fois de suite pour rappeler la commande ls que vous venez d'utiliser)