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NIBB GITC 2025 春 RNA-seq入門
基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2025年3月 RNA-seq入門
「RNA-seq入門 : RNA-seq解析パイプライン」
聴講参加のための環境構築について
- 聴講環境の構築
- (03/05 11:00追記) 必見:パッケージインストール方法 Rのパッケージインストール方法についてまとめ直しました
宿題
参加者の皆さんは以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。
日程
講義資料
(03/05 09:50追記) 0. Introductionの資料をアップロードしました。 (03/03 10:20追記) 2. NGS 基本ツール:IGVで使用するデータを追加しました。 (02/28 13:10追記) 3,4,6の資料をアップロードしました。 (02/28 09:00追記) 0,3,4,6を除く資料をアップロードしました。残り資料については現在調整中です。
カラー版PDF(正常に表示されない場合はダウンロードしてご覧ください)
- 演習環境への移動(Move to an exercise environment)
-
- (3/03 10:20追記) サンプルデータに不足がありました。こちらのデータを gitc/data/KY/IVGの下に保存してください。
講義資料、サンプルデータおよびZoomでの講義動画についての注意事項
- 使用する講義資料、サンプルデータおよび講義動画の著作権は基礎生物学研究所に帰属します。引用等のお問い合わせは重信教授まで ([email protected]) The copyright of the lecture materials belongs to the National Institute for Basic Biology, Japan.Unauthorized reproduction or commercial use is prohibited.For inquiries such as quotations, please contact Professor Shigenobu ([email protected]).
- 使用する講義資料、サンプルデータおよび講義動画は個人的な使用範囲内でお使いいただけますが、営利目的での使用、複製、加工、転載、販売、再配布は一切禁止致します。Lecture materials, sample data and lecture videos to be used can be used within the scope of personal use, but use, duplication, processing, reprinting, sale, and redistribution for commercial purposes are strictly prohibited.
- ダウンロードした講義資料、サンプルデータおよび講義動画に関連して参加者に直接的または間接的に発生する一切の損害(ハードウェア、ソフトウェアの破損、不具合等を含む。また、通常損害、特別損害、結果損害を問わない)および第三者からなされる請求について、基礎生物学研究所はその責任を一切負いません。Any direct or indirect damages (including hardware, software damage, defects, etc.) related to downloaded lecture materials, sample data and lecture videos. (regardless of damages) and claims made by third parties, NIBB does not take any responsibility.
練習問題・実戦演習
サンプルデータ
よくある質問
Errata
テキストの修正個所が見つかればここに記します。練習問題はwikiを直接修正します。
その他
アンケート
トレーニングコース終了後、アンケートにご協力ください
参考
NGS解析入門
UNIX 環境の構築に関する資料
Web links
計算科学研究センター
NGS Informatics
- [samtools] (http://www.htslib.org)
- [bowtie2] (http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml)
- [RSEM] (http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)
- [bedtools] (https://github.com/arq5x/bedtools2)
- [IGV] (http://www.broadinstitute.org/software/igv/)
- [JBrowse] (http://jbrowse.org/)
- [HISAT2] (https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml)
- [StringTie] (http://www.ccb.jhu.edu/software/stringtie/)
- [Trinity] (https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki)
- [Salmon] (https://combine-lab.github.io/salmon/)
- [SRAtoolkit] (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std)
- [cutadapt] (https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/)
- [seqkit] (https://bioinf.shenwei.me/seqkit/)
R
- [R home] (https://www.r-project.org/)
- [Bioconductor] (http://www.bioconductor.org/)
Programing
- [BioRuby] (http://bioruby.open-bio.org/)
- [BioPerl] (http://bioperl.org)
- [BioPython] (http://biopython.org/wiki/Main_Page)
Gene Ontology
NGS Informatics (Obsolete)
- [eXpress] (http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html)
- [tophat2] (https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)
- [cufflinks] (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/)
参考図書
自習の参考に。
新Linux/UNIX入門 改訂(ソフトバンククリエイティブ) 林晴比古 [ISBN: 9784797327427]
バイオサイエンスの統計学―正しく活用するための実践理論(南江堂) 市原清志 [ISBN: 978-4-524-22036-6]
Rの基礎とプログラミング技法(丸善出版) U.リゲス著 石田基広訳 [ISBN: 978-4-621-06131-2]