フォルダ名	用途
Scenes	ゲームのシーンを置く
Prefabs	ゲーム内で繰り返し使用するObject（Prefab）を置く
Scripts	ゲーム内で使うスクリプト（.csや.js）を置く
Animations	ゲーム内で使うアニメーションを置く
Materials	ゲーム内のObjectに設定するマテリアルデータ（色とか光沢とか）を置く
Physics Materials	ゲーム内の物理エンジンで使用するPhysics Materialsを置く
Fonts	ゲーム内のフォントデータを置く
Textures	画像ファイルを置く
Audio	ゲーム内のBGMやSEなどのサウンドデータを置く
Resources	（特殊フォルダ）Resources.Loadで読み込むファイルを置く
Editor	（特殊フォルダ）Unityのエディタ拡張のためのスクリプトを置く
Plugins	（特殊フォルダ）ネイティブプラグインやその他プラグインを置く

特殊なフォルダー名
http://docs.unity3d.com/ja/current/Manual/SpecialFolders.html

Assetsフォルダ配下の構成例

┌ AssetBundleModule/ ・・・サブモジュール
    ├ AssetBundles/・・・AssetBundleにビルドされるものを格納
    └ Tools/・・・AssetBundleサブモジュール用のツール(主にアセットのチェッカー、ビューワー、非エンジニア向け機能)
├ Project/・・・アプリに含まれるアセット
    ├ Title/ 
        └ (タイトルシーンのコンテンツが格納される)
    ├ OutGame/
        ├ Common/・・・OutGameの共通アセット
        └ Display/・・・各画面
            ├ Home/ ・・・ホーム画面ソースコード、prefab
            ├ Quest/ ・・・Quest画面ソースコード、prefab
            └ Menu/
        └ Dialog/・・・ダイアログ(ポップアップ)
            ├ Alert・・・アラートダイアログソースコード、prefab
            └ Shop・・・ショップダイアログソースコード、prefab
    ├ Battle/
        └ (バトルシーンのコンテンツが格納される)
    └ Resources/ ・・・ Projectで唯一のResourcesフォルダ。
├ ExternalAssets/ ・・・外部アセット(アセットストアから落としたものとか)
├ Modules/・・・サブモジュール群
├ Preset/・・・プリセットデータ
├ ScriptTemplates/・・・スクリプトテンプレート
├ StreamingAssets/
├ Tools/・・・開発ツール
└ Sandbox/ ・・・テストコード格納
    └ ohba_shunsuke/ ・・・各開発者ごとにディレクトリを切ったテストコード