Drafts - myTeachingURJC/2018-19-PNE GitHub Wiki

• HTTP Protocol

• Sickets. Modelo cliente-servidor

• Sockets. Mi primer servidor web

• HTTP library

• Practice 7: JSON and clients with the http library

• Practica 8: API rest

• Ej. consulta para leer una secuencia:

Web donde ver más ejemplos: http://rest.ensembl.org/documentation/info/sequence_id

http://rest.ensembl.org/sequence/id/ENSG00000157764?content-type=application/json

• Ejemplo sencillo de JSON:

{"query":"ENSG00000157764",
  "molecule":"dna",
  "version":13,
  "seq":"TTCCCCCAATCCCCTCAGGCTCGGCTGCGCC",
  "desc":"chromosome:GRCh38:7:140719327:140924928:-1",
  "id":"ENSG00000157764"
}

• practice 7:
  • Client: local
  • Json examples (simple)
  • json server. It just returns a json file to the browser
  • python client that ask for the same information
  • Practice: Get the gnome from a ensemble and performs calculations

List of public APIs

• https://github.com/toddmotto/public-apis/blob/master/README.md

Final project

• Gen de referencia: FRAT1
• id: ENSG00000165879
• Cromosoma: 10
• http://rest.ensembl.org/sequence/id/ENSG00000165879?content-type=application/json
• Parámetro end recorta y te saca solo las primeras bases: http://rest.ensembl.org/sequence/id/ENSG00000165879?content-type=application/json;end=5
• La descripción del gen es: chromosome:GRCh38:10:97319267:97321915:1

Carotipo

El Carotipo es el patrón cromosómico de una especie. En los humanos está formado por los cromosomas 1-22 y X

Información sobre los cromosomas de una especie

• Para los humanos:

http://rest.ensembl.org/info/assembly/homo_sapiens?content-type=application/json

Info del cromosoma de la mosca de la fruta:

http://rest.ensembl.org/info/assembly/Fruitfly?content-type=application/json

Aparece el carotipo y las regiones top-level

Información sobre las regiones toplevel:

Muestra la información sobre el cromosoma 22:

http://rest.ensembl.org/info/assembly/human/22?content-type=application/json

{
  "length": 50818468,
  "assembly_name": "GRCh38",
  "assembly_exception_type": "REF",
  "is_chromosome": 1,
  "is_circular": 0,
  "coordinate_system": "chromosome"
}

La única información útil es su longitud

Especies:

• Humanos: homo_sapiens/human
• Mosca fruta: Fruitfly
• Chicken
• Mouse

Listado de todas las especies:

http://rest.ensembl.org/info/species?content-type=application/json

Obtención del id a partir del nombre:

http://rest.ensembl.org/lookup/symbol/homo_sapiens/FRAT1?content-type=application/json

Obtener nombres de los genes que están en una región

Por ejemplo, todos los genes que están en el cromosoma 1, desde el inicio hasta la posición 15000

http://rest.ensembl.org/overlap/region/human/1:00000000-00014000?content-type=application/json;feature=gene

Obtener la secuencia de una región:

http://rest.ensembl.org/sequence/region/human/1:0010000..00100000:1?content-type=application/json