reddyGeneticFunctionalDrivers2017 - morinlab/LLMPP GitHub Wiki
| Entity | Tier 1 genes | Tier 2 genes | Tier 3 genes |
|---|---|---|---|
| DLBCL | 13 | 28 | 26 |
---
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This study, New Tier 1, 13
New Tier 1, DLBCL Tier 1, 13
This study, New Tier 2, 28
New Tier 2, DLBCL Tier 2, 28
This study, New Tier 3, 26
New Tier 3, DLBCL Tier 3, 26
All other DLBCL studies, DLBCL Tier 1, 112
All other DLBCL studies, DLBCL Tier 2, 182
All other DLBCL studies, DLBCL Tier 3, 361
| New gene | DLBCL tier | Average variant quality | QC outcome |
|---|---|---|---|
| ATM | 1 | ||
| BIRC6 | 1 | ||
| DDX3X | 1 | ||
| HNRNPU | 1 | ||
| MGA | 1 | ||
| PIM2 | 1 | ||
| PTEN | 1 | ||
| PTPN6 | 1 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| SF3B1 | 1 | ||
| SMARCA4 | 1 | ||
| TMSB4X | 1 | ||
| TOX | 1 | ||
| ZNF292 | 1 |
| New gene | DLBCL tier | Average variant quality | QC outcome |
|---|---|---|---|
| ARID5B | 2 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| ATR | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| BRINP3 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| CASP8 | 2 | ||
| CD22 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| FOXP1 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| FUBP1 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| GOLGA5 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| HNRNPD | 2 | ||
| IKBKB | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| IL16 | 2 | ||
| INO80 | 2 | ||
| JAK1 | 2 | ||
| JAK3 | 2 | ||
| KCMF1 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| MAGT1 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| MCL1 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| MECOM | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| MET | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| MSH6 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| SETD5 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| STAT5B | 2 | ||
| TCL1A | 2 | ||
| TGFBR2 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| TIPARP | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| YY1 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| ZEB2 | 2 | ||
| ZFX | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| New gene | DLBCL tier | Average variant quality | QC outcome |
|---|---|---|---|
| ARID1B | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CBLB | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CDC73 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CDH8 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CHD1 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CHST2 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| DCAF6 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| DICER1 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| DNMT3A | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| GNAS | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| HRAS | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| LIN54 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| MAP4K4 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| MARK1 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| MSH2 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| MYB | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| NCOR1 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| NFKB2 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| PHF6 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| PTPRK | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| RARA | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| RUNX1 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SYK | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| WAC | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ZBTB7A | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ZFAT | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
