loveGeneticLandscapeMutations2012 - morinlab/LLMPP GitHub Wiki
| Entity | Tier 1 genes | Tier 2 genes | Tier 3 genes |
|---|---|---|---|
| BL | 5 | 7 | 48 |
---
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This study, New Tier 1, 5
New Tier 1, BL Tier 1, 5
This study, New Tier 2, 7
New Tier 2, BL Tier 2, 7
This study, New Tier 3, 48
New Tier 3, BL Tier 3, 48
All other BL studies, BL Tier 1, 27
All other BL studies, BL Tier 2, 65
All other BL studies, BL Tier 3, 22
| New gene | BL tier | Average variant quality | QC outcome |
|---|---|---|---|
| ARID1A | 1 | ||
| BCL6 | 1 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| CREBBP | 1 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| GNA13 | 1 | ||
| PTEN | 1 |
| New gene | BL tier | Average variant quality | QC outcome |
|---|---|---|---|
| CARD4 | 2 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| CDC73 | 2 | ★ ★ ★ ☆ ☆ | PASS |
| EZH2 | 2 | ★ ★ ★ ★ ★ | PASS |
| GGTLA4 | 2 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| NBEAL1 | 2 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| P2RY2 | 2 | ★ ★ ★ ★ ☆ | PASS |
| RANBP6 | 2 | ★ ★ ★ ★ ★ | PASS |
| New gene | BL tier | Average variant quality | QC outcome |
|---|---|---|---|
| ACAD9 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ACE | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ATP2C2 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| BRAF | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| BRD4 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| BTG2 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| C6orf27 | 3 | Germline | FAIL |
| CAD | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CCT6B | 3 | Germline | FAIL |
| CDH17 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| COL4A2 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CYB5D1 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| CYP4F22 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| DLGAP1 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| DTX1 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| EIF2C4 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| EML2 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ENTPD3 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| EPHB2 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| FAM129B | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| FGFR3 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| FTCD | 3 | Germline | FAIL |
| GRIK5 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ICK | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ITPR3 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| KIFC3 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| MAP3K6 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| MYH10 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| NOTCH1 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| NRXN2 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| PC | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| POLRMT | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| POR | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| PRSS22 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| PTPRN | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| RBP3 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| RET | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SALL3 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SAPS2 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SBF1 | 3 | ★ ★ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SF3B1 | 3 | ★ ★ ★ ★ ☆ | FAIL |
| SHANK1 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SLC29A2 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| SYNGAP1 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| TBC1D9B | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| TIGD6 | 3 | ★ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| TPST2 | 3 | ☆ ☆ ☆ ☆ ☆ | FAIL |
| ZNF229 | 3 | Germline | FAIL |
