echo -n で空文字列を出力し、それを xclip にパイプすることでクリップボードを空にする。
-selection clipboard は X11 のクリップボード領域を指定する。
コピー内容の消去や機密情報のクリア時に使用する。

echo -n | xclip -selection clipboard

clip,xclip

{none}

echo hoge

hoge

{none}