20190424 - workflow-meetup-jp/workflow-meetup GitHub Wiki

15th Workflow Meetup

今回は、大阪、東京、同時開催です。

Workflow Meeup概要

まとめ

まとめ

案内

趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、アノテーション、自然言語処理、画像処理、AIの利用など、関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

日程：2019年4月24日水曜日

時間：10時から19時

インターネット環境：理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です

大阪会場

大阪会場：理化学研究所、A棟 3階 303会議室

アクセス：生命機能科学研究センター・大阪・生命システム研究棟

注意 「大阪大学　生命システム棟」に間違えて行かれる方がいらっしゃいます。 「生命システム研究棟」は最寄り駅 山田駅の大阪大学外の独立した理化学研究所の建物になります。

東京会場

東京会場：理化学研究所、東京連絡事務所（15階）

第3会議室(会議室２から変更になりました2019-04-18)、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。

アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所

  1. 地下鉄できたときは、１階まで行く
  2. １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
  3. 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）

プログラム

時間 内容 備考
10:00-11:30 作業
11:30-12:30 昼食 東京は、まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました
12:30-15:00 作業
15:00-15:30 中間報告、問題点共有
15:30-17:00 作業
17:00-18:00 まとめ
18:00-19:00 作業 東京

予定

ワークフローの紹介

八谷さんより以下の紹介です。

ヒトゲノム（whole genome sequencing）データのワークフローで、入力＝配列データ（FastQ形式）、出力＝多型データ（genomic VCF形式

事前計画

西田孝三 (理研BDR)

  • E-Cell4 の Azure Batch 対応の改善
  • 自分が関わるprojectへの Azure Pipelines の導入

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

  • CWLを、Docker, Singularity で、動かす

具体的な開発予定

  • CWLのLanguage Server Protocol の実装
  • Yacleの実装(CWLのGolang実装)
  • Nextflow

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

  1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
  2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど

その他

  • Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
  • セキュリティ関連
  • 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
    • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
    • Java, Python
    • Galaxy, CWL
    • 各種エディタでの、言語ハイライト

雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

  • 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること，自分が調査したいと思っていること

  1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

  • なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

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メール

西田(大阪)： [email protected]

石井(東京)： [email protected]