Installatie WAD software pakket in Windows - wadqc/WAD_Documentatie GitHub Wiki

##Overzicht Onderstaande beschrijving geldt voor Windows XP of Windows Server 2003.

Het WAD software pakket maakt gebruik van enkele open source software pakketten:

  • Java development kit
  • DCM4CHEE
  • JBOSS (vereist voor DCM4CHEE)
  • XAMPP (distributie van o.a. Apache en MySQL)

##Stappenplan Hieronder volgt een stappenplan voor de installatie van bovenstaande software.

  1. Maak de folder c:\WAD-software aan.

  2. Download de WAD-QC software. Releases staan op https://github.com/wadqc/WAD_Documentatie/releases.

  • Download de release zip file
  • Verplaats de zip file naar C:\WAD-software
  • Pak de zip file uit in C:\WAD-software. Als het goed is heb je nu in C:\WAD-software de mappen WAD_Collector, WAD_Selector, WAD_Processor en WAD_Interface gekregen, en de WAD configuratie file config.xml
  1. Installeer xampp (versie >=1.8.0) in c:\xampp
    Installeer apache en mysql als service, of zorg dat deze draaien voordat dcm4chee wordt gestart (vanuit de xampp control panel)
    N.B. apache geeft mogelijk problemen mits de volgende applicaties zijn geinstalleerd:
  • teamviewer: poorten 80/8080 niet laten gebruiken
    extras > options > advanced > show advanced options > advanced network settings > "don't use incoming ports 80 and 443"
  • vmware: service "vmware workstation server" niet automatisch laten starten

  1. xampp security console: http://localhost/security/xamppsecurity.php
    Verander het mysql password voor gebruiker "root"

  2. xampp / php: open de php configuratie file c:\xampp\php\php.ini in een teksteditor.

  • Verander de regel "upload_max_filesize = 2M" in "upload_max_filesize = 200M" en "post_max_size = 8M" in "post_max_size = 200M" (toestaan van uploaden van grote bestanden, nodig voor het uploaden van analyse module executables)
  • activeer de optie extension=php_fileinfo.dll door het leesteken ; vooraan de regel te verwijderen.

  1. Installeer jdk-6u31-windows-i586.exe (http://www.oracle.com/technetwork/java/javasebusiness/downloads/java-archive-downloads-javase6-419409.html#jdk-6u31-oth-JPR)

  2. Installeer dcm4chee versie 2.17.1-mysql. Voor complete instructies en downloads zie http://www.dcm4che.org/confluence/display/ee2/Installation. Kort samengevat:

  • extraheer dcm4chee-2.17.1-mysql.zip naar de folder c:\WAD-software\dcm4chee-2.17.1-mysql
  • extraheer jboss-4.2.3.GA-jdk6.zip naar de folder c:\WAD-software\jboss-4.2.3.GA
  • optioneel: extraheer dcm4chee-arr-3.0.11-mysql.zip naar de folder c:\WAD-software\dcm4chee-arr-3.0.11-mysql
  • ga naar c:\WAD-software\dcm4chee-2.17.1-mysql\bin en voer uit:
    install_jboss.bat c:\WAD-software\jboss-4.2.3.GA
    optioneel: install_arr.bat c:\WAD-software\dcm4chee-arr-3.0.11-mysql
  • zorg ervoor dat omgevingsvariabele JAVA_HOME wijst naar je jdk-installatie
    ("c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_31" of "c:\Program Files (x86)\Java\jdk1.6.0_31")
    XP/2000 : right-click "my computer" > properties > advanced > environment variables
    Vista/win7 : right-click "my computer" > properties > advanced system settings > environment variables
    Vervolgens: System variables > New > JAVA_HOME + jdk-pad invullen.
    Om DCM4CHEE als service te starten is verder nog nodig om %JAVA_HOME%\bin aan de systeem variabele PATH toe te voegen.
  • maak de dcm4chee en WAD databases aan: ga naar folder c:\WAD-software\WAD_Interface\create_databases en voer de beide cmd-files uit (pas evt de paden hierin aan).
    Wanneer wordt geprompt voor een wachtwoord, gebruik dan het mysql root-wachtwoord.

  1. Start dcm4chee dmv het script: dcm4chee-2.17.1-mysql\bin\run.bat

  2. Test de installatie:

  1. optioneel: creeer evt extra Dicom-nodes binnen dcm4chee voor het ontvangen van data. Standaard draait er al een dicom-service op poort 11112 met AET=DCM4CHEE

  2. optioneel: aanpassen max geheugen voor DCM4CHEE in run.bat:

rem JVM memory allocation pool parameters. Modify as appropriate.
set JAVA_OPTS=%JAVA_OPTS% -Xms128m -Xmx512m -XX:MaxPermSize=128m
  1. optioneel: toevoegen van "series custom attributes" om selectie regels te kunnen maken op basis van vrij te kiezen DICOM tags, zie http://www.dcm4che.org/jira/browse/DCMEE-438. Standaard zijn aanwezig o.a. modality, body_part, laterality, series_desc, institution, station_name, department, perf_physician.
    In de file conf/dcm4chee-attribute-filter.xml toevoegen:
    <dcm4chee-attribute-filter>  
      [..]  
      <series>
        [..]  
        <attr tag="00081090" field="seriesCustomAttribute1"/> <!-- WAD-JK 20120521 Manufacturer Model Name -->
        <attr tag="00181000" field="seriesCustomAttribute2"/> <!-- WAD-JK 20120521 Device Serial Number -->
        [..]
      </series>
      [..]
    </dcm4chee-attribute-filter>

  1. optioneel: verkorten tijdsinterval van binnenkomst laatste beeld van een serie totaan de uitgifte van SeriesStoredNotification. Hierdoor wordt sneller gestart met de analyse.
    In de JMX Console http://localhost:8080/jmx-console ga naar service=StoreScp, pas hier de tijdsduur van CheckPendingSeriesStoredInterval en SeriesStoredNotificationDelay aan (default: 1 minuut). Als de tijdsduur te kort is dan zal de analyse op slechts een deel van de studie uitgevoerd worden.

  2. Test het sturen van dicom-data naar dcm4chee (bijv dmv dcmtk binaries):
    storescu -v -aet CALLINGNODE -aec DCM4CHEE localhost 11112 *.dcm

  3. Als dcm4chee naar behoren werkt, kan deze als service worden geinstalleerd door het volgende commando uit te voeren in de folder "dcm4chee-2.17.1-mysql\bin":
    install_service.bat server
    NB: log file DCM4CHEE in C:\WAD-software\dcm4chee-2.17.1-mysql\server\default\log\server.log

  4. Optioneel voor de service: Console logging uitzetten zie http://forums.dcm4che.org/jiveforums/thread.jspa?messageID=4787&#4787

##Installatie en configuratie WAD services en interface Koppel de WAD interface aan de Apache webserver.

  • Methode 1 (aanbevolen voor gebruikers) :

    • Kopieer de inhoud van c:\WAD-software\WAD_Interface\website naar c:\xampp\htdocs
    • Open de C:\WAD-software\config.xml en pas het veld bij aan naar c:\xampp\htdocs

  • Methode 2 (aanbevolen voor ontwikkelaars) : Pas de website-lokatie als volgt aan in de apache-configuratie:

    • xampp control panel > stop Apache
    • xampp control panel > "config" button achter Apache > Apache (httpd.conf) (of aanpassen in c:\xampp\apache\conf\httpd.conf)
    • Vervang DocumentRoot "C:/xampp/htdocs" door DocumentRoot "C:/WAD-software/WAD_Interface/website"
      en <Directory "c:/xampp/htdocs"> door <Directory "C:/WAD-software/WAD_Interface/website">
    • Start de Apache service opnieuw op

  • Configuratie WAD

    • Open de WAD configuratie file C:\WAD-software\config.xml in een teksteditor (notepad). Zo nodig kunnen een aantal zaken aangepast worden, zoals database toegang (mySQL usernaam en wachtwoord), diverse file locaties zoals DCM4CHEE default database locatie, interval tussen acties van de Services en maximum aantal analyse modules dat gelijktijdig mag lopen.

##Testen WAD interface

  • De MySQL service moet gestart zijn voor deze test.
  • Typ op de adresbalk van je internet brouwser de naam van de server / PC in. Als dit je eigen PC is, kun je ook de naam "localhost" gebruiken.
  • Eerste login met gebruikersnaam "root" en wachtwoord "iqc_123". Dit is ook het standaard wachtwoord voor nieuwe gebruikers en bij een wachtwoord reset. Na de eerste login wordt de gebruiker om een nieuw wachtwoord gevraagd.
  • Na inloggen kun je rondklikken op de diverse pagina's.

##Testen WAD services

  • Open een terminal (start --> uitvoeren: cmd) en navigeer naar een WAD service dist map, bijv. "cd C:\WAD-software\WAD_Collector\dist"
  • Start de collector dmv "java -jar WAD_Collector.jar". Als het goed is krijg je nu met een tijdsinterval zoals ingesteld in de config.xml een melding van activiteit.
  • Test hierna ook de Selector en de Processor.

TODO: testcase met beelden + selector + analysemodule beschrijven

##Installeren van de WAD services als Windows systeem service Voor de installatie van de WAD services als Windows systeem service zijn scripts gemaakt, deze werken met de generieke Windows service "srvany". De scripts staan in WAD_InstallServicesCSP\installScripts.

  • Controleer of de file locaties in de registry key files overeenkomen met uw installatie!! Open hiervoor de WAD_xxx_params.reg files in een tekst editor (notepad) dmv rechtermuisknop --> bewerken. Let op: .reg files niet dubbelklikken om te openen.
  • Start vervolgens WAD_InstallServicesCSP.bat
  • Controleer of de services gestart kunnen worden. Per service zijn er twee processen in de proceslijst terug te vinden, te weten "srvany" en "java".
  • Standaard account voor Windows services mag geen Matlab executables draaien (lees: analyse modules in Matlab gebouwd). Hiervoor moet een aparte account (bijv. lokaal account) worden gemaakt, en de service moet hiermee worden gestart (in de lijst met services (instellingen --> configuratie --> systeembeheer --> services): zoek de WAD_xxx services, rechter muisknop --> properties, tab Log On).
  • De console logging kan beter uitgezet worden voor systeem services. Wijzig hiervoor de logging configuratie file van elke WAD-service (dist/config/log4j.properties) als volgt: De regel: log4j.rootLogger=DEBUG, A1
    veranderen in: log4j.rootLogger=DEBUG

##Development WAD software

  • installeer netbeans
  • installeer github for windows
  • kloon de github repositories (zie github handleiding) naar c:\WAD-software
  • WAD_Collector, WAD_Processor en WAD_Selector kunnen in netbeans als project worden ingeladen en worden gecompileerd naar jar-executables.
⚠️ **GitHub.com Fallback** ⚠️