0からASAP上でCAMELYONのtiff画像を表示するまでの流れ - tajima1121/practice_repository GitHub Wiki
作成日：2020/07/10 更新日：2020/07/15
やること：
Ⅰ．ASAPのインストール
Ⅱ．CAMELYONのTIFFファイルとアノテーションファイルを入手
Ⅲ．ASAPを起動してTIFFファイルとアノテーションファイルをセット
Ⅰ．ASAPのインストール
1．下のサイトに移動し、ASAP-1.9-win64.exe をダウンロードする。
ASAPのダウンロードURL：https://github.com/computationalpathologygroup/ASAP/releases
2．ダウンロードしたASAP-1.9-win64.exe を実行する。
実行後、流れのままに操作するとASAPがインストールされる。
Ⅱ．CAMELYONのTIFFファイルとアノテーションファイルを入手
1．下のサイトに移動し、リンパ節切片のTIFFファイルをダウンロードする。
(今回は、TIFFファイル：tumor_001.tif、 アノテーションファイル：lesion_annotations.zip 7.34MB)
TIFFファイルのダウンロードURL：http://gigadb.org/dataset/view/id/100439/File_page/51
2．下のサイトに移動し、がん領域を示すアノテーションファイルをダウンロードする。
アノテーションファイルのダウンロードURL：http://gigadb.org/dataset/100439/File_page/1
ダウンロードしたlesion_annotations.zipは展開する。
Ⅲ．ASAPを起動してTIFFファイルとアノテーションファイルをセット
1．ASAPを起動する
2．TIFFファイルを設定する
(今回は、tumor_001.tif)
左上のタブから、[File] > [Open] を左クリック、目的のTIFFファイルを選ぶ。
3．アノテーションファイルを設定する
(今回は、lesion_annotationsフォルダの中のtumor_001.xml)
左上の [Load] を左クリック、目的のアノテーションファイルを選ぶ。
青い線でがんの領域が示されていればOK↓↓
おわり//
CAMELYON16：https://camelyon16.grand-challenge.org/Data/