RokkoEigensolverInstallScripts - t-sakashita/rokko GitHub Wiki

Rokko付属の固有値ソルバのインストールスクリプトの使い方

準備：ソルバのインストール先のディレクトリの作成

export PREFIX_ROKKO=$HOME/rokko_solvers
mkdir ${PREFIX_ROKKO}

$HOME/.rokkoinstallerで、インストール・作業用ディレクトリを定義する。

export PREFIX_ROKKO=$WORK/materiapps-intelmpi
export SOURCE_DIR=$WORK/source
export BUILD_DIR=$WORK/build-intelmpi

#export PREFIX_ROKKO=$WORK/materiapps
#export SOURCE_DIR=$WORK/source
#export BUILD_DIR=$WORK/build

上記は環境変数でも設定できる。（同名であれば環境設定の方が優先順位が高い。）

準備：トップのスクリプトの作成

cd development/rokko/3rd-party/install/00_env
bash default.sh

PREFIX_ROKKO（インストール先のディレクトリのトップ）に、rokkoenv.shが作成される。

スクリプトの仕様

3rd-party/installに、ソルバごとに以下のように同じ名前のスクリプトがある。

ユーザが実行するインストールスクリプト：

macos.sh　Macで、LAPACK/BLASとして、Accelerate Frameworkを使う場合のスクリプト
intel-mkl.sh　インテルコンパイラでMKLを使う場合のスクリプト。コンパイラはmpiccなどのラッパーがある場合はそれを用いる。MPIラッパーがない場合は、iccを使い、MPI用のリンクオプションを検出する。
fx10.sh 「京」・FX10でのインストールスクリプト
centos.sh　Redhat系Linuxでのインストール方法。LAPACK/BLASは、yumコマンドでインストールされたものを使う。実行する際にいるディレクトリは、どこでも良い。（カレントディレクトリが汚されることはない。） LD_LIBRARY_PATHにパスを通す。（動的ライブラリの場合、必要）

インストールスクリプト実行後に実行するスクリプト

link.sh　ライブラリ名_ROOTという環境変数を作成。リンクを張る。

内部で使用されるスクリプト（ユーザは直接実行しない。）

setup.sh ダウンロード（できる場合）と解凍を行う。必要な場合、富士通コンパイラ向けのパッチの適用も行う。
*.patch 自動であてられるパッチ（主に「京」/FX10用）
version.sh　インストールするソルバのバージョン番号、パッチのバージョン番号を与える

インストール先のディレクトリ名：

固有値ソルバ名-ソルバのバージョン-パッチのバージョン

EigenExaの場合：$PREFIX_ROKKO/eigenexa-2.2b-1

注：パッチのバージョンは、パッチ無しを0として数える。

ビルド時に、$HOME/buildにRelase, Debug用にディレクトリを作る。

例：EigenExa

ディレクトリ構造

eigenexa: eigenexa-2.2b-1へのリンク
eigenexa-2.2b-1/
- Release
- Debug
- eigenexavars.sh

環境変数

EIGENEXA_ROOTは、eigenexa-2.2b-1/を指す。

例：PETSc（SLEPcで必要）

インストール手順

機種に合わせて、以下のいずれかを実行

sh rokko/3rd-party/install/PETSc/macos.sh
sh rokko/3rd-party/install/PETSc/fx10-interact.sh
sh rokko/3rd-party/install/PETSc/intel-mkl.sh
sh rokko/3rd-party/install/PETSc/centos.sh

ディレクトリ構造

petsc/　petsc-3.5.2-0/へのリンク
petsc-3.5.2-0/Debug
             /Release
             /petsccvars.sh

例：SLEPc

インストール手順

まず、PETScをインストールしておく。 SLEPcのインストールスクリプトは、機種によらず共通（PETScインストール時の設定を自動で取り込むため）：

sh rokko/3rd-party/install/SLEPc/default.sh

リンクを張る：

sh rokko/3rd-party/install/SLEPc/link.sh

ディレクトリ構造

slepc/　slepc-3.5.3-0/へのシンボリックリンク
slepc-3.5.3-0/Debug
             /Release
             /slepcvars.sh

例：Trilinos

インストール手順

機種に合わせて、以下のいずれかを実行

sh rokko/3rd-party/install/Trilinos/macos.sh
sh rokko/3rd-party/install/Trilinos/fx10-interact.sh
sh rokko/3rd-party/install/Trilinos/intel-mkl.sh
sh rokko/3rd-party/install/Trilinos/centos.sh

ディレクトリ構造

petsc/　petsc-3.5.2-0/へのリンク
petsc-3.5.2-0/Debug
             /Release
             /petsccvars.sh

link.shによって張られるシンボリックリンク

DebugやReleaseの親ディレクトリ ${PREFIX_ROKKO}/rokkoenv.d

eigenexavars.sh@ -> rokko_solvers/eigenexa/eigenexavars.sh
petscvars.sh@ -> rokko_solvers/petsc/petscvars.sh
slepcvars.sh@ -> rokko_solvers/slepc/slepcvars.sh

デバッグ ${PREFIX_ROKKO}/rokkoenv-Debug.d/

eigenexavars.sh@ -> /rokko_solvers/eigenexa/Debug/eigenexavars.sh
petscvars.sh@ -> /rokko_solvers/petsc/Debug/petscvars.sh
slepcvars.sh@ -> /rokko_solvers/slepc/Debug/slepcvars.sh

リリース ${PREFIX_ROKKO}/rokkoenv-Release.d/

eigenexavars.sh@ -> /rokko_solvers/eigenexa/Release/eigenexavars.sh
petscvars.sh@ -> /rokko_solvers/petsc/Release/petscvars.sh
slepcvars.sh@ -> /rokko_solvers/slepc/Release/slepcvars.sh

Tips

コンパイラごとにソルバのインストールディレクトリを分ける事もできる。

メモ

Elemental-0.85のmake install時における、python用のラッパーのコピー

pythonラッパーを、pythonのインストールディレクトリにインストールする。そのため、ルート権限が必要となる。
Rokkoで使うElementalのlibmrrrなどは、pythonラッパーの後にインストールされる。
Pythonラッパーの生成を防止する方法、ルート権限が必要なファイルのコピーを省略する方法はあるか？

ライブラリを再インストールするときの注意

LD_LIBRARY_PATHやDYLD_LIBRARY_PATHに古いバージョンのディレクトリがある場合は、外しておく。
さもないと、ライブラリのビルド時に、依存する下部のライブラリがリンクされてしまう。
例：Elementalのlibmrrrなど
ライブラリに含まれるライブラリは、lddコマンドで確認できる。