MPIParallelDebug - t-sakashita/rokko GitHub Wiki

MPI並列プログラムのデバッグ

sekirei@物性研でTotalViewを使用する。

ssh -Y sekirei
module load totalview
totalview

sekirei（物性研システムB）において、スレッド並列で実行されているかのテスト

コマンド末尾に&をつけて、バックグラウンドでプログラム実行

mpijob -np 4 scalapack_pdsyevd_fixed_block 30000 > a.log 2>&1 &

以下を実行する。

ps aux -Lm | grep scalapack

ps -eLfm | grep scalapack

NLWPのコラムにスレッド数が表示される。

ツール

• SPINDLE:　scalable dynamic library loading
• ReMPI: MPI record and reply（そろそろ公開）
• clock delta compressionでMPI通信の順序・時刻を圧縮して管理
• STAT: stack trace analysis tool
• io-watchingdog　hangを検出する。フリーズによる計算機資源の無駄を防止

TAUのインストール

準備：pdtのインストール

• pdtはオプション要らない（-prefixでインストールを指定するだけ）
• フロントエンドでGNUコンパイラを使うため

./configure -prefix=

TAU（paraprofを含む）のインストール makiでは、wgetが使えないので、PCでダウンロードして、makiに転送。

wget tau.uoregon.edu/ext.tgz
scp ext.tgz maki:

以下のように、TAUのソースディレクトリの中にext.tgzの解凍したものをおくと、ダウンロードしたのと同じ扱いができる。

ssh maki
cd tau-2.25
tar xvf ext.tgz
./configure -bfd=download -pdt=$HOME/pdt -pdt_c++=g++ -prefix=$HOME/tau -arch=sparc64fx -c++=mpiFCCpx -cc=mpifccpx -fortran=mpifrtpx -mpi

TAUのラッパーコンパイラで使用するMakefileを指定：

export TAU_MAKEFILE=$TAU/Makefile.tau-mpi-pdt-openmp-opari-fujitsu

TAUで最新版のC++パーサを使う。

以下のようにすれば、使用するパーサを最新版のcxxparse4101とできる。

export TAU_OPTIONS='-optPdtCxxParser=cxxparse4101 -optVerbose'

しかし、今のところ、このパーサ（ROSE）は、Boostはインクルードするだけでもエラーとなりパースできない。 よって、Rokkoのコンパイルもできない。

TAUのC++コンパイララッパーを使用する事は諦める。 代わりに、以下のように対処する。

• コンパイラは通常の富士通コンパイラをデバッグモード（-gをつける）使用する。
• 実行時にtau_exec -ebsをつける：

mpiexec tau_exec -ebs ./foo

オプションの一覧は、tau_compiler.shで見れる。

vampirの起動

拡張子がotf2のファイルを指定

traces.otf2