pl1 sup01 edgeR_batchrun - shujishigenobu/omics-collab-cm-nibb GitHub Wiki

メインのワークフローでは、edgeRによる発現変動解析はR環境でインタラクティブに行っている。実際の解析の現場では、このようにステップバイステップでデータを確認しながら解析を進めていくことが多いが、ここでは、一連のRの解析の流れをスクリプトとしてファイル記述し、コマンドラインから一気に計算させる方法を解説する。

以下のスクリプトを　run_Rscript.R という名前で保存。

library(edgeR)
dat <- read.csv("gene_count_matrix.csv",row.names=1)
grp <- c(rep("2D2L", 3), rep("2D", 3))
D <- DGEList(dat, group=grp)
D <- calcNormFactors(D, method="TMM")
D <- estimateCommonDisp(D)
D <- estimateTagwiseDisp(D)
D$samples
summary(D$tagwise.dispersion)
de.2D.vs.2D2L <- exactTest(D, pair=c("2D", "2D2L"))
topTags.out <- topTags(de.2D.vs.2D2L, n=nrow(de.2D.vs.2D2L))
write.table(topTags.out$table, "de.2D.vs.2D2L.txt", sep="\t", quote=F)

コマンドラインからRscriptを使ってスクリプトを実行する。

$ Rscript run_Rscript.R

スクリプト内で指定した「de.2D.vs.2D2L.txt」に結果が出力されていることを確認する。