Install software - shujishigenobu/omics-collab-cm-nibb GitHub Wiki

環境構築 ソフトウェアインストール

SSH Remote Connection を参考に SSH コマンドで仮想マシンへログインします。

インストール手順

apt で必要最低限のソフトウェアをインストールします。

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade -y

sudo apt install emacs-nox -y # もしくは何らかのテキストエディタ
sudo apt install unzip -y

今回のバイオインフォマティクス環境は基本的にbiocondaを利用します。まずは miniconda のインストールをします。

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda
source ~/miniconda/bin/activate
conda init

シェルの初期化を反映させるために一度ログアウトします。

exit

SSH コマンド で仮想マシンへログインをし直します。

Biocondaの設定

Bioconda チャンネルを追加します。

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

Conda仮想環境作成

このチュートリアル用に、conda environmentを作成します。

conda create -n tutorial-rnaseq
conda activate tutorial-rnaseq

プロンプトの前方に(tutorial-rnaseq)と表示されるようになります。

# 表示例
(tutorial-rnaseq) ubuntu@ip-10-0-1-230:~$

condaによるソフトウェアのインストール

conda install hisat2=2.2.1
conda install stringtie=2.2.1
conda install samtools=1.16.1
conda install bioconductor-edger=3.40.0
conda install seqkit=2.4.0

Biocondaの環境設定は完了です。

Links

• Miniconda — conda documentation
• Installing on Linux — conda 23.3.1 documentation

準備完了

トレーニングを受講するのにあたり実行環境の準備が完了しました。

準備して頂いた仮想マシン（EC2 インスタンス）は起動したままですと利用費が発生します。利用しないときはインスタンス停止して不必要な課金を抑制しましょう。

インスタンスの停止を参考にしてください。