Программы - ryavorsky/RuBioMed GitHub Wiki
Основные биоинформационные программы
- ACT (Artemis Comparison Tool) — геномный анализ
- Arlequin — анализ популяционно-генетических данных
- BioEdit — редактор множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
- BioNumerics — коммерческий универсальный пакет программ
- BLAST — поиск родственных последовательностей в базе данных нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
- Clustal — множественное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
- DnaSP — анализ полиморфизма последовательностей ДНК
- FigTree — редактор филогенетических деревьев
- Genepop — популяционно-генетический анализ
- Genetix — популяционно-генетический анализ (программа доступна только на французском языке)
- JalView — редактор множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
- MacClade — коммерческая программа для интерктивного эволюционного анализа данных
- MEGA — молекулярно-эволюционный генетический анализ
- Mesquite — программа для сравнительной биологии на языке Java
- Muscle — множественное сравнение нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Более быстрая и точная по сравнению с ClustalW
- PAUP — филогенетический анализ с использованием метода парсимонии (и других методов)
- PHYLIP — пакет филогенетических программ
- Phylo_win — филогенетический анализ. Программа имеет графический интерфейс.
- PopGene — анализ генетического разнообразия популяций
- Populations — популяционно-генетический анализ
- PSI Protein Classifier — обобщение результатов, полученных с помощью программы PSI-BLAST
- Seaview — филогенетический анализ (с графическим интерфейсом)
- Sequin — депонирование последовательностей в GenBank, EMBL, DDBJ
- SPAdes — сборщик бактериальных геномов
- SplitsTree
- T-Coffee — множественное прогрессивное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Более чувствительное, чем в ClustalW/ClustalX.
- UGENE — свободный русскоязычный инструмент, множественное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетический анализ, аннотирование, работа с базами данных.
- Velvet — сборщик геномов
- ZENBU - обобщение результатов