Программное обеспечение в области биоинформатики - ryavorsky/RuBioMed GitHub Wiki
ACT (Artemis Comparison Tool) — геномный анализ
Arlequin— анализ популяционно-генетических данных
BioEdit — редактор множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
BioNumerics — коммерческий универсальный пакет программ
BLAST — поиск родственных последовательностей в базе данных нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
Clustal — множественное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
DnaSP — анализ полиморфизма последовательностей ДНК
FigTree — редактор филогенетических деревьев
Genepop — популяционно-генетический анализ
Genetix — популяционно-генетический анализ (программа доступна только на французском языке)
JalView — редактор множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
MacClade — коммерческая программа для интерктивного эволюционного анализа данных
MEGA — молекулярно-эволюционный генетический анализ
Mesquite — программа для сравнительной биологии на языке Java
Muscle — множественное сравнение нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Более быстрая и точная по сравнению с ClustalW
PAUP— филогенетический анализ с использованием метода парсимонии (и других методов)
PHYLIP — пакет филогенетических программ
Phylo_win — филогенетический анализ. Программа имеет графический интерфейс.
PopGene — анализ генетического разнообразия популяций
Populations — популяционно-генетический анализ
PSI Protein Classifier — обобщение результатов, полученных с помощью программы PSI-BLAST
Seaview — филогенетический анализ (с графическим интерфейсом)
Sequin — депонирование последовательностей в GenBank, EMBL, DDBJ
SPAdes — сборщик бактериальных геномов
T-Coffee — множественное прогрессивное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Более чувствительное, чем в ClustalW/ClustalX.
UGENE — свободный русскоязычный инструмент, множественное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетический анализ, аннотирование, работа с базами данных.
Velvet — сборщик геномов
ZENBU - обобщение результатов
Источник Википедия: биоинформатика