肠道微生物的数据建模 - rusher321/rusher321.github.io GitHub Wiki

系统思想来研究肠道菌群

如果对肠道微生物进行数学建模？

i. 初始条件是什么？输入是什么？输出是什么？如何引入随机变量？

1. 富营养，有限竞争，有限共生
2. 通过婴幼儿的菌群环境来对初始条件进行模拟
3. 随机变量：宿主标签

ii. 传统建模的思想：传统的生态模型是否work ? 怎么定义work?

iii. 机器学习，用什么来构建它的损失函数？ 学习的样本：大队列的物种的定量矩阵与其物种对应的进化信息

一个小的想法： 个体的菌群生态结构是不是依托于群体构建的生态结构更独特 宏基因组测序，本质上是一个群体中的抽样行为，是否可以通过Gibbs抽样或者Motecalo来对个体生态建模，以此来比较和群体建模的结构？

ref

• 结构化和系统化思考
• A mathematical model to investigate the key drivers of the biogeography of the colon microbiota
• Mathematical modeling of primary succession of murine intestinal microbiota
• Understanding the Human Gut Microbiota: A Mathematical Approach
• Towards predictive models of the human gut microbiome
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• A 3-dimensional mathematical model of microbial proliferation that generates the characteristic cumulative relative abundance distributions in gut microbiomes
• A Mathematical Model for the Hydrogenotrophic Metabolism of Sulphate-Reducing Bacteria