Directory Structure - rsalani13/EPP622-2026-SNPCalling GitHub Wiki
.
├── analyses
│ ├── bwamem2_3
│ │ ├── did_bwamem_work.sh
│ │ ├── loop_for_bwamems.sh
│ │ ├── multiqc_data
│ │ │ ├── llms-full.txt
│ │ │ ├── multiqc_citations.txt
│ │ │ ├── multiqc_data.json
│ │ │ ├── multiqc_general_stats.txt
│ │ │ ├── multiqc.log
│ │ │ ├── multiqc.parquet
│ │ │ ├── multiqc_samtools_coverage.txt
│ │ │ ├── multiqc_samtools_flagstat.txt
│ │ │ ├── multiqc_samtools_stats.txt
│ │ │ ├── multiqc_software_versions.txt
│ │ │ ├── multiqc_sources.txt
│ │ │ ├── samtools_alignment_plot.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage_Bases.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage_BQ.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage_Coverage.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage_Mean_depth.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage_MQ.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage_Reads.txt
│ │ │ ├── samtools-coverage-table.txt
│ │ │ ├── samtools-flagstat-pct-table.txt
│ │ │ ├── samtools-flagstat-table.txt
│ │ │ ├── samtools_insert_size.txt
│ │ │ └── samtools-stats-dp.txt
│ │ ├── multiqc_report_for_bwamem.html
│ │ ├── sacCer3.fa
│ │ ├── sacCer3.fa.0123
│ │ ├── sacCer3.fa.amb
│ │ ├── sacCer3.fa.ann
│ │ ├── sacCer3.fa.bwt.2bit.64
│ │ ├── sacCer3.fa.fai
│ │ ├── sacCer3.fa.pac
│ │ ├── Sample_A.coverage.txt
│ │ ├── Sample_A.flagstat.txt
│ │ ├── Sample_A_R1.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_A_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R2.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_A_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A.sorted.bam
│ │ ├── Sample_A.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_A.stats.txt
│ │ ├── Sample_B.coverage.txt
│ │ ├── Sample_B.flagstat.txt
│ │ ├── Sample_B_R1.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_B_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R2.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_B_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B.sorted.bam
│ │ ├── Sample_B.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_B.stats.txt
│ │ ├── Sample_C.coverage.txt
│ │ ├── Sample_C.flagstat.txt
│ │ ├── Sample_C_R1.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_C_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R2.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_C_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C.sorted.bam
│ │ ├── Sample_C.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_C.stats.txt
│ │ ├── Sample_D.coverage.txt
│ │ ├── Sample_D.flagstat.txt
│ │ ├── Sample_D_R1.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_D_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D_R2.trimmed.fastq.gz -> ../fastp2_withWARNING/Sample_D_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D.sorted.bam
│ │ ├── Sample_D.sorted.bam.bai
│ │ └── Sample_D.stats.txt
│ ├── evaluating_6
│ │ ├── bam_list.txt -> ../filtering_5/bam_list.txt
│ │ ├── eval_for_raw.sh
│ │ ├── eval_script.sh
│ │ ├── evaluate_snps_v4.py -> ../../rawdata/check/evaluate_snps_v4.py
│ │ ├── evaluation_gentle
│ │ │ ├── Sample_A_gentle_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_A_gentle_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_A_gentle_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_gentle_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_gentle_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_gentle_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_gentle_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_gentle_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_gentle_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_gentle_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_gentle_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_gentle_genotype_confusion.tsv
│ │ │ └── summary_all_runs.tsv
│ │ ├── evaluation_raw
│ │ │ ├── Sample_A_raw_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_A_raw_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_A_raw_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_raw_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_raw_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_raw_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_raw_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_raw_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_raw_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_raw_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_raw_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_raw_genotype_confusion.tsv
│ │ │ └── summary_all_runs.tsv
│ │ ├── evaluation_stringent
│ │ │ ├── Sample_A_stringent_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_A_stringent_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_A_stringent_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_stringent_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_stringent_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_B_stringent_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_stringent_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_stringent_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_C_stringent_genotype_confusion.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_stringent_false_negatives.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_stringent_false_positives.tsv
│ │ │ ├── Sample_D_stringent_genotype_confusion.tsv
│ │ │ └── summary_all_runs.tsv
│ │ ├── filtering.sh -> ../filtering_5/filtering.sh
│ │ ├── sacCer3.fa -> ../filtering_5/sacCer3.fa
│ │ ├── sacCer3.fa.0123 -> ../filtering_5/sacCer3.fa.0123
│ │ ├── sacCer3.fa.amb -> ../filtering_5/sacCer3.fa.amb
│ │ ├── sacCer3.fa.ann -> ../filtering_5/sacCer3.fa.ann
│ │ ├── sacCer3.fa.bwt.2bit.64 -> ../filtering_5/sacCer3.fa.bwt.2bit.64
│ │ ├── sacCer3.fa.fai -> ../filtering_5/sacCer3.fa.fai
│ │ ├── sacCer3.fa.pac -> ../filtering_5/sacCer3.fa.pac
│ │ ├── Sample_A.sorted.bam -> ../filtering_5/Sample_A.sorted.bam
│ │ ├── Sample_A.sorted.bam.bai -> ../filtering_5/Sample_A.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_B.sorted.bam -> ../filtering_5/Sample_B.sorted.bam
│ │ ├── Sample_B.sorted.bam.bai -> ../filtering_5/Sample_B.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_C.sorted.bam -> ../filtering_5/Sample_C.sorted.bam
│ │ ├── Sample_C.sorted.bam.bai -> ../filtering_5/Sample_C.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_D.sorted.bam -> ../filtering_5/Sample_D.sorted.bam
│ │ ├── Sample_D.sorted.bam.bai -> ../filtering_5/Sample_D.sorted.bam.bai
│ │ ├── truth_snps.vcf -> ../../rawdata/check/truth_snps.vcf
│ │ ├── variant_calling.sh -> ../filtering_5/variant_calling.sh
│ │ ├── variant_filtered.stats.txt -> ../filtering_5/variant_filtered.stats.txt
│ │ ├── variant_filtered.vcf.gz -> ../filtering_5/variant_filtered.vcf.gz
│ │ ├── variant_gentle.stats.txt -> ../filtering_5/variant_gentle.stats.txt
│ │ ├── variant_gentle.vcf.gz -> ../filtering_5/variant_gentle.vcf.gz
│ │ ├── variant_output.raw.stats.txt -> ../filtering_5/variant_output.raw.stats.txt
│ │ ├── variant_script_output.raw.vcf.gz -> ../filtering_5/variant_script_output.raw.vcf.gz
│ │ ├── variant_stringent.stats.txt -> ../filtering_5/variant_stringent.stats.txt
│ │ └── variant_stringent.vcf.gz -> ../filtering_5/variant_stringent.vcf.gz
│ ├── fastp2
│ │ ├── fastp_bash.sh
│ │ ├── loop_to_get_multiqc_stats.sh
│ │ ├── multiqc_data
│ │ │ ├── fastp_filtered_reads_plot.txt
│ │ │ ├── fastp-insert-size-plot.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_1_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_1_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_2_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_2_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_1_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_1_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_2_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_2_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_1_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_1_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_2_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_2_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── llms-full.txt
│ │ │ ├── multiqc_citations.txt
│ │ │ ├── multiqc_data.json
│ │ │ ├── multiqc_fastp.txt
│ │ │ ├── multiqc_general_stats.txt
│ │ │ ├── multiqc.log
│ │ │ ├── multiqc.parquet
│ │ │ ├── multiqc_software_versions.txt
│ │ │ └── multiqc_sources.txt
│ │ ├── multiqc_report_for_fastp2.html
│ │ ├── Sample_A.fastp.html
│ │ ├── Sample_A.fastp.json
│ │ ├── Sample_A_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_A_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_A_R2.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B.fastp.html
│ │ ├── Sample_B.fastp.json
│ │ ├── Sample_B_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_B_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_B_R2.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C.fastp.html
│ │ ├── Sample_C.fastp.json
│ │ ├── Sample_C_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_C_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_C_R2.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D.fastp.html
│ │ ├── Sample_D.fastp.json
│ │ ├── Sample_D_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_D_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_D_R2.fastq.gz
│ │ └── Sample_D_R2.trimmed.fastq.gz
│ ├── fastp2_withWARNING
│ │ ├── fastp_bash.sh
│ │ ├── loop_to_get_multiqc_stats.sh
│ │ ├── multiqc_data
│ │ │ ├── fastp_filtered_reads_plot.txt
│ │ │ ├── fastp-insert-size-plot.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_1_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_1_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_2_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-gc-plot_Read_2_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_1_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_1_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_2_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-content-n-plot_Read_2_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_1_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_1_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_2_After_filtering.txt
│ │ │ ├── fastp-seq-quality-plot_Read_2_Before_filtering.txt
│ │ │ ├── llms-full.txt
│ │ │ ├── multiqc_citations.txt
│ │ │ ├── multiqc_data.json
│ │ │ ├── multiqc_fastp.txt
│ │ │ ├── multiqc_general_stats.txt
│ │ │ ├── multiqc.log
│ │ │ ├── multiqc.parquet
│ │ │ ├── multiqc_software_versions.txt
│ │ │ └── multiqc_sources.txt
│ │ ├── multiqc_report_for_fastp2.html
│ │ ├── Sample_A.fastp.html
│ │ ├── Sample_A.fastp.json
│ │ ├── Sample_A_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_A_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_A_R2.fastq.gz
│ │ ├── Sample_A_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B.fastp.html
│ │ ├── Sample_B.fastp.json
│ │ ├── Sample_B_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_B_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_B_R2.fastq.gz
│ │ ├── Sample_B_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C.fastp.html
│ │ ├── Sample_C.fastp.json
│ │ ├── Sample_C_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_C_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_C_R2.fastq.gz
│ │ ├── Sample_C_R2.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D.fastp.html
│ │ ├── Sample_D.fastp.json
│ │ ├── Sample_D_R1.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_D_R1.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D_R1.trimmed.fastq.gz
│ │ ├── Sample_D_R2.fastq.gz -> ../../rawdata/reads/Sample_D_R2.fastq.gz
│ │ └── Sample_D_R2.trimmed.fastq.gz
│ ├── fastqc1
│ │ ├── forloop.sh
│ │ ├── multiqc_analysis.sh
│ │ ├── multiqc_data
│ │ │ ├── fastqc_adapter_content_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc_overrepresented_sequences_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc_per_base_n_content_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc_per_base_sequence_quality_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc_per_sequence_gc_content_plot_Counts.txt
│ │ │ ├── fastqc_per_sequence_gc_content_plot_Percentages.txt
│ │ │ ├── fastqc_per_sequence_quality_scores_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc_sequence_counts_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc_sequence_duplication_levels_plot.txt
│ │ │ ├── fastqc-status-check-heatmap.txt
│ │ │ ├── fastqc_top_overrepresented_sequences_table.txt
│ │ │ ├── llms-full.txt
│ │ │ ├── multiqc_citations.txt
│ │ │ ├── multiqc_data.json
│ │ │ ├── multiqc_fastqc.txt
│ │ │ ├── multiqc_general_stats.txt
│ │ │ ├── multiqc.log
│ │ │ ├── multiqc.parquet
│ │ │ ├── multiqc_software_versions.txt
│ │ │ └── multiqc_sources.txt
│ │ ├── multiqc_report.html
│ │ └── reads -> ../../rawdata/reads/
│ ├── filtering_5
│ │ ├── bam_list.txt -> ../variant_calling_4/bam_list.txt
│ │ ├── filtering.sh
│ │ ├── sacCer3.fa -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa
│ │ ├── sacCer3.fa.0123 -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa.0123
│ │ ├── sacCer3.fa.amb -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa.amb
│ │ ├── sacCer3.fa.ann -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa.ann
│ │ ├── sacCer3.fa.bwt.2bit.64 -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa.bwt.2bit.64
│ │ ├── sacCer3.fa.fai -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa.fai
│ │ ├── sacCer3.fa.pac -> ../variant_calling_4/sacCer3.fa.pac
│ │ ├── Sample_A.sorted.bam -> ../variant_calling_4/Sample_A.sorted.bam
│ │ ├── Sample_A.sorted.bam.bai -> ../variant_calling_4/Sample_A.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_B.sorted.bam -> ../variant_calling_4/Sample_B.sorted.bam
│ │ ├── Sample_B.sorted.bam.bai -> ../variant_calling_4/Sample_B.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_C.sorted.bam -> ../variant_calling_4/Sample_C.sorted.bam
│ │ ├── Sample_C.sorted.bam.bai -> ../variant_calling_4/Sample_C.sorted.bam.bai
│ │ ├── Sample_D.sorted.bam -> ../variant_calling_4/Sample_D.sorted.bam
│ │ ├── Sample_D.sorted.bam.bai -> ../variant_calling_4/Sample_D.sorted.bam.bai
│ │ ├── variant_calling.sh -> ../variant_calling_4/variant_calling.sh
│ │ ├── variant_filtered.stats.txt -> ../variant_calling_4/variant_filtered.stats.txt
│ │ ├── variant_filtered.vcf.gz -> ../variant_calling_4/variant_filtered.vcf.gz
│ │ ├── variant_gentle.stats.txt
│ │ ├── variant_gentle.vcf.gz
│ │ ├── variant_output.raw.stats.txt -> ../variant_calling_4/variant_output.raw.stats.txt
│ │ ├── variant_script_output.raw.vcf.gz -> ../variant_calling_4/variant_script_output.raw.vcf.gz
│ │ ├── variant_stringent.stats.txt
│ │ └── variant_stringent.vcf.gz
│ └── variant_calling_4
│ ├── bam_list.txt
│ ├── sacCer3.fa -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa
│ ├── sacCer3.fa.0123 -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa.0123
│ ├── sacCer3.fa.amb -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa.amb
│ ├── sacCer3.fa.ann -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa.ann
│ ├── sacCer3.fa.bwt.2bit.64 -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa.bwt.2bit.64
│ ├── sacCer3.fa.fai -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa.fai
│ ├── sacCer3.fa.pac -> ../bwamem2_3/sacCer3.fa.pac
│ ├── Sample_A.sorted.bam -> ../bwamem2_3/Sample_A.sorted.bam
│ ├── Sample_A.sorted.bam.bai -> ../bwamem2_3/Sample_A.sorted.bam.bai
│ ├── Sample_B.sorted.bam -> ../bwamem2_3/Sample_B.sorted.bam
│ ├── Sample_B.sorted.bam.bai -> ../bwamem2_3/Sample_B.sorted.bam.bai
│ ├── Sample_C.sorted.bam -> ../bwamem2_3/Sample_C.sorted.bam
│ ├── Sample_C.sorted.bam.bai -> ../bwamem2_3/Sample_C.sorted.bam.bai
│ ├── Sample_D.sorted.bam -> ../bwamem2_3/Sample_D.sorted.bam
│ ├── Sample_D.sorted.bam.bai -> ../bwamem2_3/Sample_D.sorted.bam.bai
│ ├── variant_calling.sh
│ ├── variant_filtered.stats.txt
│ ├── variant_filtered.vcf.gz
│ ├── variant_output.raw.stats.txt
│ └── variant_script_output.raw.vcf.gz
└── rawdata
├── check
│ ├── evaluate_snps_v4.py
│ └── truth_snps.vcf
├── reads
│ ├── Sample_A_R1_fastqc.html
│ ├── Sample_A_R1_fastqc.zip
│ ├── Sample_A_R1.fastq.gz
│ ├── Sample_A_R2_fastqc.html
│ ├── Sample_A_R2_fastqc.zip
│ ├── Sample_A_R2.fastq.gz
│ ├── Sample_B_R1_fastqc.html
│ ├── Sample_B_R1_fastqc.zip
│ ├── Sample_B_R1.fastq.gz
│ ├── Sample_B_R2_fastqc.html
│ ├── Sample_B_R2_fastqc.zip
│ ├── Sample_B_R2.fastq.gz
│ ├── Sample_C_R1_fastqc.html
│ ├── Sample_C_R1_fastqc.zip
│ ├── Sample_C_R1.fastq.gz
│ ├── Sample_C_R2_fastqc.html
│ ├── Sample_C_R2_fastqc.zip
│ ├── Sample_C_R2.fastq.gz
│ ├── Sample_D_R1_fastqc.html
│ ├── Sample_D_R1_fastqc.zip
│ ├── Sample_D_R1.fastq.gz
│ ├── Sample_D_R2_fastqc.html
│ ├── Sample_D_R2_fastqc.zip
│ └── Sample_D_R2.fastq.gz
└── ref
see the empty ref folder from that time i accidentally moved all my reference files... oops...