普鲁克分析（Procrustes Analysis） - ricket-sjtu/bi028 GitHub Wiki

普鲁克分析与普鲁克变换

• MCMCpack::procrustes(X, Xstar)可执行普鲁克变换（Procrustes transformation），令矩阵$\mathbf{X}$通过平移（translation），旋转（rotation）以及缩放（scaling）等变换后，与$\mathbf{X}^{\star}$的平方距离（squared distance）最小；这在科研上有着非常广泛的应用。例如，我们可以测定多个个体的基因型，计算这些个体在基因组层面上的距离（genetic distance），然后将这些距离用MDS（stats::cmdscale()）转化为二维坐标（$\mathbf{X}$），这个坐标与采样的真正经度、纬度的地理坐标（$\mathbf{X}^{\star}$）进行普鲁克变换（MCMCpack::procrustes()）后，绘图（maps::map()）进行观察是否能够很好匹配。
• FactoMineR::GPA()可执行广义的普鲁克分析（generalized Procrustes analysis, GPA）
• vegan::procrustes()