Como norma general es una buena idea guardar las clases PHP en archivos separados, con una clase por cada archivo. Por ejemplo si tenemos un foro, tendríamos la clase User dentro del archivo User.php, y la clase Topic en el archivo Topic.php. Lo normal es poner estos archivos de clases en una carpeta de la aplicación:

classes/
    User.php
    Topic.php

Antes de que apareciera autoload, si se necesitaba usar una de las clases anteriores, primero se incluía con include o require:

require_once("classes/User.php");
$usuario = new User();

Muy probablemente User.php no sería el único archivo a incluir, por lo que se solían generar largas listas con include y require.

El mantener las clases separadas y organizadas permite utilizar el autoloading. Para ello, se crea una función __autoload() en el arranque de la aplicación. Entonces, cuando el código intente crear una instancia que PHP desconoce todavía, PHP llamará automáticamente a la función __autoload(), pasándole el nombre de la clase que está intentando instanciar. El objetivo de la función es localizar e incluir el archivo de la clase. PHP ahora podrá entonces cargar la clase que antes desconocía, y crear el objeto.

Ejemplo de función autoload:

function __autoload($nombreClase) {
    $nombreClase = strtolower($nombreClase);
    $directorio = "classes/{$nombreClase}.php";
    if(file_exists($directorio)) {
        require_once($directorio);
    } else {
        die("El archivo {$nombreClase}.php no se ha podido encontrar.");
    }
}

Ahora todas las clases que se encuentren en el directorio /classes se cargarán (siempre y cuando el archivo tenga el mismo nombre que la clase a la cual se llama).

Existe una alternativa mejor y más flexible mediante la función spl_autoload_register() (de hecho es posible que la función __autoload() quede obsoleta y sea eliminada en el futuro). spl_autoload_register() acepta una función callable como parámetro donde se puede definir una lógica concreta para la carga de clases. Con spl_autoload_register() es posible definir varias funciones para la carga de clases (lo que no es posible con __autoload()):

function miAutoloadUno($clase){
    require "/directorio/.$clase.php";
}
function miAutoloadDos($clase){
    require "/otroDirectorio/.$clase.php";
}
spl_autoload_register("autoloadUno");
spl_autoload_register("autoloadDos");

Algunas otras funciones útiles de spl_autoload:

• spl_autoload_extensions(), permite especificar las extensiones de los archivos que se quieren cargar.
• spl_autoload_unregister(), permite desregistrar una función dada como implementación de __autoload().
• spl_autoload_functions(), devuelve todas las funciones __autoload() registradas.

Desde PHP 5.3 es posible el uso de namespaces en PHP. Un namespace permite crear un nombre de directorio para un archivo y luego éste puede ser referenciado desde cualquier parte del script.

El estándar PSR-4 permite enlazar los namespaces con directorios de carpetas reales. En la actualidad es lo más cómodo utilizar** composer** (o un autoloader de algún framework) para el manejo de la carga de clases automática, y usar el estándar PSR-4 (actualmente el más recomendado). Si por ejemplo tenemos la siguiente estructura:

/app
/public
/src
    Usuario.php
    Topic.php
/vendor

Suponemos que el namespace Proyecto se encuentra en /src. El directorio /src representaría el nivel más alto del namespace. Si utilizamos composer para cargar las clases, simplemente hay que decirle a composer cómo cargarlas. Vamos a indicarle que utilice el estándar PSR-4 desde composer.json:

{
    "autoload": {
        "psr-4":{
            "Proyecto\\": "src/"
        }
    }
}

Para más información del autoloading en composer, puedes visitar la documentación.