Instalar Conda - quipupe/from-assembly-to-nextstrain GitHub Wiki

Para instalar Conda, debemos de descargar el instalador disponible en: https://www.anaconda.com/products/individual#linux y escoger uno según el sistema operativo que se posee. También se puede instalar una versión más ligera llamada miniconda desde aqui: https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Abrimos una terminal y colocamos el siguiente comando

bash ~/Downloads/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh 
o
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#verificar primero en qué carpeta se encuentra el instalador

Terminado el proceso de instalación, podremos entrar al entorno de conda cerrando la terminal y abriendo uno nuevo, o también con el siguiente comando:

conda activate

Para saber si estamos en el entorno de conda, podremos ver que nuestra línea de comando empieza con

(base) user@ubuntu: $

Para salir del entorno conda se usa el siguiente comando:

conda deactivate

Instalación de Augur y Auspice

Usando conda, crearemos un ambiente llamado “nextstrain”, en donde se instalarán todas las dependencias de Augur y Auspice, para el cual colocaremos los siguientes comandos:

curl http://data.nextstrain.org/nextstrain.yml --compressed -o nextstrain.yml
conda env create -f nextstrain.yml
conda activate nextstrain
npm install --global auspice