Welcome to the virus_assembly wiki!

Instalar los programas para este tutorial

SRA Toolkit

wget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"
#Descomprimir el archivo
tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
#Configurar el SRA Toolkit
./vdb-config -i
#Testear que todo funcione
./fastq-dump -X 5 -Z SRR390728

Obtener los arvhivos fastq utilizando fastq-dump. Use información de esta pagina. Esta forma toma mas tiempo así que se recomienda usar prefetch primero y luego fasterq-dump

fastq-dump --split-files --readids --skip-technical --gzip --read-filter pass --dumpbase --clip SRR11508492
fastq-dump2.10.5 --split-e --skip-technical --gzip --read-filter pass --dumpbase --clip ./SRR11508492.sra

Java Verificar la versión de java

java --version
#Si no tienes instalado el java te saldrá un mensaje como este: 
#Command 'java' not found, but can be installed with: 

#Instalar el java
sudo apt update #quizas no es necesario
sudo apt install default-jdk
#Verify the installation
java --version

Samtools http://www.htslib.org/download/ http://quinlanlab.org/tutorials/samtools/samtools.html

./configure --prefix=/mnt/c/Users/pipor/Desktop/coronavirus/genome/samtools/ 
make
make install

prefix= instala el programa en un directorio local

Bowtie2

SPAdes

No será utilizado pero es otro ensamblador de genomas

wget http://cab.spbu.ru/files/release3.14.1/SPAdes-3.14.1.tar.gz
tar -xzf SPAdes-3.14.1.tar.gz
cd SPAdes-3.14.1
#sudo apt install cmake en WSL
spades.py --pe1-1 ../share/spades/test_dataset/ecoli_1K_1.fq.gz --pe1-2 ../share/spades/ test_dataset/ecoli_1K_2.fq.gz -o spades_test

BWA

No será utilizado pero es otro ensamblador de genomas

git clone https://github.com/lh3/bwa.git 
cd bwa; make 

o descargarlo desde 
http://bio-bwa.sourceforge.net/ y descomprimirlo

##Nota importante En general, los programas estarán en una carpeta donde están los ejecutables, escribir pwd esa dirección, por ejemplo para mí normalmente es /home/quipu/carpeta_del_programa debe ser copiada luego abrir el archivo bashrc usando nano ~/.bashrc y al final del archivo colocar este código export PATH=$PATH:/home/quipu/bwa-0.7.17 que le dice a Linux donde está (PATH) la carpeta desde donde se ejecutará el programa. Cada vez que se instale un programa nuevo se debería agregarlo al PATH. Finalmente para que pueda ser usado desde cualquier lugar, se ejecuta source ~/.bashrc