suite2p 動作環境構築 - oist/optinist GitHub Wiki

目的

2光子Ca Imagingパイプラインツールであるsuite2pの動作環境構築方法の確認。

公式

アプローチ

公式のインストール方法に従う
公式ではcondaを使用。
CaImAnの公式Docker環境上にインストールする

手順

レポジトリのクローン

git clone https://github.com/MouseLand/suite2p.git

クローン後のディレクトリ

root@3bf14891b2b3:~/suite2p
# ls
CODE_OF_CONDUCT.md  MANIFEST.in  benchmarks/  docs/            gui_images/  jupyter/  setup.cfg  suite2p/  tox.ini
LICENSE             README.md    data/        environment.yml  helpers/     scripts/  setup.py   tests/

conda環境構築

conda env create -f environment.yml

実行後のconda環境


root@3bf14891b2b3:~/suite2p
# conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /opt/conda
caiman                   /opt/conda/envs/caiman
suite2p                  /opt/conda/envs/suite2p

conda activate

# conda activate suite2p
(suite2p) root@3bf14891b2b3:~/suite2p
#

suite2pモジュールの実行。。。しかしエラーとなる。

# python -m suite2p
qt.qpa.plugin: Could not load the Qt platform plugin "xcb" in "" even though it was found.
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.

Available platform plugins are: eglfs, linuxfb, minimal, minimalegl, offscreen, vnc, wayland-egl, wayland, wayland-xcomposite-egl, wayland-xcomposite-glx, webgl, xcb.

Aborted (core dumped)

デバッグ

QFactoryLoader::QFactoryLoader() checking directory path "/opt/conda/envs/suite2p/bin/platforms" ...
loaded library "/opt/conda/envs/suite2p/lib/python3.8/site-packages/PyQt5/Qt5/plugins/platforms/libqxcb.so"
qt.qpa.xcb: could not connect to display
qt.qpa.plugin: Could not load the Qt platform plugin "xcb" in "" even though it was found.
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.

となるのでlibqxcb.soをlddで見てnot foundなモジュールを確認。こちらの解決策を試すも解決できない。

解決の可能性

libqxcb-util 関係のライブラリ確認（libqxcb-util.so.0のシンボリックリンクではなく本物を入れる）
XServer周りの設定
Debianのバージョンアップ（現状buster → bulleyes）