分析ツールの一覧と概要

CaImAn

ニューロンデータの画像処理パイプラインを提供するライブラリ。

• motion correction: カルシウムイメージデータは解像度が低いため、複数枚の画像から統計的に補正をかける。
• CNMF: Constrained NMF(Non-negative matrix factorization)の略。主成分分析のように、画像から特徴量を抽出する。

Suite2p

ニューロンデータの画像処理パイプラインを提供するライブラリ。

• registration: 画像データを登録と簡単な前処理を行う関数群
• cell detection: セル検出アルゴリズムの関数群。
• spike deconvolution: OASIS algorithmに基づいて、deconvolutionする。