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NIBB GITC 2025 春 NGS解析入門

基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2025年2月 NGS解析入門

「NGS解析入門」

公式HP@NIBB

聴講参加のための環境構築について

宿題

参加者の皆さんは以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。

日程

講義資料

カラー版PDF(正常に表示されない場合はダウンロードしてご覧ください)

2/4分

2/5分

講義資料補足

講義資料、サンプルデータおよびZoomでの配信についての注意事項

  • 使用する講義資料、サンプルデータおよび配信の著作権は基礎生物学研究所に帰属します。引用等のお問い合わせは内山准教授まで (uchiyama＠nibb.ac.jp：＠は半角に)
  • 使用する講義資料、サンプルデータおよび配信は個人的な使用範囲内でお使いいただけますが、営利目的での使用、複製、加工、転載、販売、再配布は一切禁止致します。
  • ダウンロードした講義資料、サンプルデータおよび配信に関連して参加者に直接的または間接的に発生する一切の損害（ハードウェア、ソフトウェアの破損、不具合等を含む。また、通常損害、特別損害、結果損害を問わない）および第三者からなされる請求について、基礎生物学研究所はその責任を一切負いません。

演習問題

サンプルデータ

よくある質問

Errata

アンケート

Web links

計算科学研究センター

R

次世代シーケンサー解析コマンド

  • bowtie2
    • ショートリードのリファレンスデータへのマッピング
  • samtools
    • マッピング結果ファイルの処理
  • HTSeq
    • マッピング結果を領域ごとにカウント
  • Seqkit
    • 高速 FASTA/FASTQ 操作ツール
  • FastQC
    • シーケンスのクオリティチェックツール
  • Cutadapt
    • アダプター配列を除去するツール

参考図書

自習による発展学習の参考に。