win_app - nibb-unix/gitc202402-unix GitHub Wiki

個別での演習環境の準備については対応いたしかねます。あらかじめご了承ください。

このページでインストールするソフトウェアは主に以下の講義で使用する予定です。

NGS基本データフォーマット
クオリティコントロールとNGS基本ツール
エディタとスクリプト

windows WSLでの環境構築

NGS解析入門で使用する各ソフトウェアを、Windows10,11 で使用するための設定方法です。なお、事前に Windows Subsystem for Linux （WSL）がインストールされていることが前提です。

参考） https://learn.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install

以下、使用したディストリビューションは Ubuntu 20.04.2 LTS です。

WSLとWindowsのディレクトリ位置

WSLを起動するとカレントディレクトリが /mnt/c/Users/Windowsのユーザー名になります。
- これはWindowsでいうところの「C:\ユーザー\Windowsのユーザー名」にあたります。
WSLでのホームフォルダは /home/Ubuntuのユーザー名であり、起動時のカレントディレクトリとは異なります。
- （UNIX界のお約束として、ホームディレクトリは「~」で表すことができます）

lsコマンドで確認すると、デスクトップやダウンロードが見えます。 Windowsのデスクトップに置いたファイルをWSLで扱いたい場合、以下のディレクトリを参照します。

/mnt/c/Users/ユーザー名/Desktop/

Ubuntuの更新

WSL上で以下のコマンドを実行します。（全てのインストール済みapt対応ソフトウェアをアップデートします。時間がかかる場合があります）

cd
sudo apt update
sudo apt dist-upgrade

もし下記のようなエラーが出る場合は、https://qiita.com/ryosukeYamazaki/items/c04ec3ff78aac6eb8d26 を参考に、DNSサーバを設定してやって再挑戦のこと

  Err:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
  Temporary failure resolving 'archive.ubuntu.com'```

続けて各種ソフトウェアのインストール　Do you want to continue? [Y/n] の質問が出たら「Y」(Yes) を入力してリターン

sudo apt install emacs
sudo apt install bowtie2
sudo apt install samtools
sudo apt install cutadapt
sudo apt install fastqc
sudo apt install wget
sudo apt install python3-pip

HTSeqのインストール

pip3 install numpy
pip3 install HTSeq

numpyは already satisfied: numpy と出るかもしれないがそれはそれで良い

sratoolkit のダウンロードと解凍

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
tar zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz

seqkit のダウンロードと解凍

wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.6.1/seqkit_linux_386.tar.gz
tar zxvf seqkit_linux_386.tar.gz

sratoolkit と seqkit をインストールする（≒パスを通す）

ダウンロードしたソフトウェアを使うために、ホームディレクトリの下に「bin」というディレクトリを作成する。Ubuntuのデフォルト設定では、~/bin というディレクトリが存在すれば、そこにパスが通る（パスの詳細についてはUNIX基本コマンドで履修予定）

mkdir ~/bin

WSLを再起動
Ubuntuのホームディレクトリに移動してから、ソフトウェアを ~/bin に置く

cd
mv seqkit ~/bin/
cp -r sratoolkit.3.0.10-ubuntu64/bin/* ~/bin/

seqkit コマンドを実行し、使い方がずらっと画面に出れば成功

もしseqkit: command not found になる場合、下記のコマンドを実行してから、WSLを再起動してみてください

echo 'export PATH=$PATH:~/bin' >> .profile

これでダメならすみません

GoodLuck